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关于towhee 回答zhang_jaj的问题
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以下是zhang_jaj 的问题: 你好，我想用towhee做NVT下argon气在surface面上nucleation过程，希望你给一些指导，首先我想把potential选为LJ，surface与particles也是LJ作用， 1）问题是这个surface是需要用particles来make吗，如果是的话那么构成它的particles该怎么固定 2 ）或者，直接用towhee里面的LJ9-3 wall吗，想知道这种wall是与particles怎么作用的，它不是用小粒子构成的吗？ 3）模拟完成后，液体与固体的结构判断该怎么做，有什么程序代码吗？ 4）这个nucleation的rate该怎么算（是单位时间单位体积内产生临街晶核的个数），我想知道程序中怎么实现，我没发现有那个参数相关的，或者是需要自己来加东西吗？ 5）还有这个nucleation barrier该怎么来实现？ 6）towhee不能并行，那么其实一个任务就是在一个process上处理的；如果我的个人电脑比服务器的主频高，那么是不是用台式机比服务器更快呢（因为台式机是4核的，它是不是能自己把towhee的任务来用4核一起处理？）？ 7）希望您能给点关于towhee代码学习的经验，就是对于我要做的这个方向的。 这是我的回答: 实在不敢当, 我现在也是学习阶段, 因为没做过类似的体系, 对于你的问题只能有一些建议. 1）问题是这个surface是需要用particles来make吗，如果是的话那么构成它的particles该怎么固定 可以使用particle模型来模拟, 固定比较简单, 在move设置中不让这些粒子移动就行了. 2 ）或者，直接用towhee里面的LJ9-3 wall吗，想知道这种wall是与particles怎么作用的，它不是用小粒子构成的吗？ 这个我以前没有用过, 不过文献当中确实有人这样做. 这种势能的使用情况可以参考例子Fris_Walls, 另外上网搜了一下, 这几个帖子和文章可能对你有用. http://jcp.aip.org/resource/1/jcpsa6/v67/i5/p2384_s1 http://jcp.aip.org/resource/1/jcpsa6/v73/i8/p4050_s1 http://lammps.sandia.gov/threads/msg24356.html http://www.sklogwiki.org/SklogWi ... ard-Jones_potential 这种势是粒子势能转化而来的, 第四个参考文献有推导过程, 主要的优势是可以大大提高速度. lammps 的帖子跟你的情况有点像, 使用MD做的, 可以借鉴. 3）模拟完成后，液体与固体的结构判断该怎么做，有什么程序代码吗？ 这个主要是分析RDF吧, 代码在 utils 中有, 可以根据你的情况进行修改. 4）这个nucleation的rate该怎么算（是单位时间单位体积内产生临街晶核的个数），我想知道程序中怎么实现，我没发现有那个参数相关的，或者是需要自己来加东西吗？ 这个是需要后处理才能得到的吧. towhee本身不是计算成核过程的. 应该需要编写代码实现. 不过MC 如何计算时间呢? 如果用MC步数是不是会有问题? 是不是用MD更合适一点? 5）还有这个nucleation barrier该怎么来实现？ 这个应该是进行不同温度点的模拟, 作速率-温度关系图, 然后通过拟合热力学公式得到吧. 6）towhee不能并行，那么其实一个任务就是在一个process上处理的；如果我的个人电脑比服务器的主频高，那么是不是用台式机比服务器更快呢（因为台式机是4核的，它是不是能自己把towhee的任务来用4核一起处理？）？ towhee的不能用多个核并行计算一个任务, 而事实上也不需要. 一般来说, 模拟多个任务可以等价于模拟一个大任务, MC的本质决定它是这样的性质, MD可不行. 所以尽量还是使用towhee提供的并行模式. 注意选择不同的随机种子. 7）希望您能给点关于towhee代码学习的经验，就是对于我要做的这个方向的。 关于代码, 其实我也没有太多经验. 我主要是对结果进行后处理. towhee 本身是一个general Monte Carlo code, 不是专门为某些体系设计的, 但是对于你的体系应该是可以胜任的. 主要针对体系的代码, 差别也主要是建模和分析结果两个过程, 核心代码都是类似的. 我个人认为如果时间有限, 不要陷到源代码中去.当然能够多了解一些代码对于软件的使用也是非常有好处的. towhee 的代码由于需要我简单的读过一些, 还是比较清楚的. 可以尝试从总体上去学习下. 对于结果的后处理的代码, 建议从修改towhee 提供的代码开始. 使用语言以自己最熟悉的为准, 如果都凑合, 推荐 fortran90. 多学习 linux bash 脚本也是很有好处的, 我现在简单的数据处理基本都用它. 最后强调, 不要陷到代码中去, 能够完成自己的用途就可以了, 越简单越直接越好. 多多思考跟你体系相关的问题, 多查文献. ///希望能多多向你学习towhee知识，导师不管，自己一个人摸索。担心毕业十大问题啊，谢谢了 大家基本都差不多, 坚定信心, 可以做的很好. 其实模拟计算这个方向比起做实验还是比较透明的, 重复文献一般没有问题, 技术问题一般论坛上都会回答. 我也是在学习的过程, 大家多多讨论, 相互学习. [ Last edited by 043114076 on 2012-4-26 at 09:55 ] |
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我从头讲好了。 我们一般模拟时使用的是全粒子势能比如UFF，amber等等，这种势能每个原子作为独立的粒子，有自己的力场参数。这样在模拟时需要计算每一对粒子的相互作用能。如果我们的体系是气体或者液体分子和一个表面的相互作用，当然也可以使用全粒子势能参数去模拟，但是我们也可以把表面所有粒子的力场参数积分使其变成一个整体。9-3 wall 势能是从 12-6 粒子势能进行空间积分得到的。积分推导的过程见：http://www.sklogwiki.org/SklogWi ... ard-Jones_potential , 建议自己可以简单推导一下。这样做的好处是大大减少了粒子的数目（表面当成了一个具有特定形状的粒子），从而减少了计算量。推导过程中，原来12-6中的参数sigma ，epsilon意义没有变化，直接继承下来，另外新加入了一个参数ljfrhho，和体系的组成相关，即体相单位体积内的粒子数目。 我只是以Si和SiO2 为例，你要根据你的体系去得到sigma epsilon和ljfrhho。请问你的体系中wall的组成是什么物质？ 费了这么大劲，不知讲清楚了没有。 那个文献我也没有，你可以求助一下 |
14楼2012-06-07 09:13:50
2楼2012-04-26 19:15:47
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你好，我是按照你之前一个帖子直接编译的并行towhee-7版的，但是这个里面没有那个towheebase的目录（应该是6版以前才有的把）。在做练习的时候，我把towhee_input文件的forcefield改成了自己的绝对路径 /public/software/towhee/Forcefield/() 然后towhee_parallel如下 1 towhee.log /public/software/towhee/Examples/Canonical/Amber_Villin 之后执行了mpirun -np 4 towhee 显示出来的为 Number ofjobs:0 Simulations complete Total time:0.000059 seconds 而且没有towhee.log文件 还有官网说安装需要的autoconf与automake文件是不是可以不用？ example中的makefile文件用来编译什么的？ 非常感谢！（因为一些原因实验室不能上网，只能晚上回来求助） [ Last edited by zhang_jaj on 2012-4-26 at 20:25 ] |
3楼2012-04-26 20:24:20
4楼2012-04-26 21:53:51