应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Linux远程操作chk文件无法转换
31/1返回列表
查看: 874  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

baihe869

金虫 (小有名气)

[求助] Linux远程操作chk文件无法转换

我最近用SSH远程操作，在集群上用Gaussian 09计算得到的chk文件，在转换成fchk文件时总出错。
注：计算是正常结束的，重新算了还是这样，现在已经证实chk文件没有问题。请各位帮我分析一下到底是什么原因？
我在windows下远程操作linux系统输入的命令是：formchk *.chk
然后就出现了一下编码：
smj@gomberg00:~$ formchk HBC.chk
Read checkpoint file HBC.chk
Write formatted file HBC.fchk
Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len=       44100 IPos=           0 Q=         13504352


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =    47 SizExt =     32768 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =     2490368 FType=2 FMxFil=10000

Number           0          0          0          0          0          0          0          0
Base       1226088    2270286     237438    1325575    1244530     568981    1891640    2384653
End        1226090    2286749     243230    1455904    1324053     826632    2092796    2490368
End1       1226090    2286749     243230    1455904    1324053     826632    2092796    2490368
Wr Pntr    1226088    2270286     237438    1325575    1244530     568981    1891640    2384653
Rd Pntr    1226088    2270286     237438    1325575    1244530     568981    1891640    2384653
Length           2      16463       5792     130329      79523     257651     201156     105715

Number         501        502        503        508        511        520        521        522
Base        439036     440036    1324794      40960     448542     568905     826632      41190
End         440036     444804    1325215      40990     534864     568915     826667      42074
End1        440036     444804    1325215      40990     534864     568915     826667      42074
Wr Pntr     439036     440036    1324794      40960     448542     568905     826632      41190
Rd Pntr     439036     440036    1324794      40960     448542     568905     826632      41190
Length        1000       4768        421         30      86322         10         35        884

Number         524        526        536        538        545        548        551        552
Base        826667    1022031     243230     341133    1242443      42074     568943     568915
End        1022031    1217395     341133     439036    1242471     237438     568981     568943
End1       1022031    1217395     341133     439036    1242471     237438     568981     568943
Wr Pntr     826667    1022031     243230     341133    1242443      42074     568943     568915
Rd Pntr     826667    1022031     243230     341133    1242443      42074     568943     568915
Length      195364     195364      97903      97903         28     195364         38         28

Number         561        562        569        575        584        585        603        605
Base        562196     562197    1242441    2092796     538594    1226151    2286749    1226090
End         562197     568905    1242443    2270286     538954    1242441    2384653    1226151
End1        562197     568905    1242443    2270286     538954    1242441    2384653    1226151
Wr Pntr     562196     562197    1242441    2092796     538594    1226151    2286749    1226090
Rd Pntr     562196     562197    1242441    2092796     538594    1226151    2286749    1226090
Length           1       6708          2     177490        360      16290      97904         61

Number         607        619        665        670        672        674        694        695
Base       1243204    1217395     534864     444804    1324053    1324222    1243646     538954
End        1243646    1226088     538594     448542    1324222    1324794    1244530     540842
End1       1243646    1226088     538594     448542    1324222    1324794    1244530     540842
Wr Pntr    1243204    1217395     534864     444804    1324053    1324222    1243646     538954
Rd Pntr    1243204    1217395     534864     444804    1324053    1324222    1243646     538954
Length         442       8693       3730       3738        169        572        884       1888

Number         698        701        773        989        993        997        998
Base       1325215    1242471    1455904     540842     560842     561042      40990
End        1325575    1243204    1891640     560842     561042     562196      41190
End1       1325575    1243204    1891640     560842     561042     562196      41190
Wr Pntr    1325215    1242471    1455904     540842     560842     561042      40990
Rd Pntr    1325215    1242471    1455904     540842     560842     561042      41090
Length         360        733     435736      20000        200       1154        200
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
Segmentation fault
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-04-24 14:13:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangji3013

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
小红豆: 编辑内容 2012-04-26 21:13
[ Last edited by 小红豆 on 2012-4-26 at 21:13 ]
赞一下 回复此楼
2楼2012-04-25 17:19:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

冬天里的骄阳

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2012-04-25 19:20:46
baihe869: 金币+5, ★★★很有帮助, thanks 2012-04-27 23:25:08
假如你的用户名为user，g09安装在user下，则
/home/user/g09/formchk  HBC.chk HBC.fch

如果仍不行，考虑加大内存
在环境变量中加入
export GAUSS_MEMDEF=2000000000（数字依情况而定）
再执行。
赞一下 回复此楼
3楼2012-04-25 18:39:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 baihe869 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭