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VASP_2012

新虫 (小有名气)

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[求助] 采用PBS脚本第一次提交任务，算了1步就被杀死，有错误提示但不知道原因？

PBS脚本如下：

## Specify the job name
##PBS -S /bin/sh
#PBS -N  new
##PBS -q zhou
## Join the standard error and the standard output into 1 file output
#PBS -j oe
##PBS -m be
#PBS -V
## Set number of nodes and number of processor per node
#PBS -l nodes=2:ppn=2
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun  -np 4 vasp
rm -rf $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts

错误提示如下：
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
RMM: 1    0.112962560756E+03 0.11296E+03 -0.69848E+03  1512 0.693E+02
mpirun: killing job...
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 32211 on node r1i3n3 exited on signal 0 (Unknown signal 0).
--------------------------------------------------------------------------
mpirun: clean termination accomplished

请问是什么原因造成的？应该如何修改？

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1楼2012-04-22 06:04:27

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教 2012-04-26 14:35:43
VASP_2012: 金币+9, ★★★★★最佳答案 2012-05-01 02:42:39

引用回帖:

17楼: Originally posted by VASP_2012 at 2012-04-26 11:43:14:
麻烦版主贴出完整版，我再修改试以下。谢谢～

## Specify the job name
##PBS -S /bin/sh
#PBS -N vasp
##PBS -q zhou2

## Join the standard error and the standard output into 1 file output
#PBS -j oe
##PBS -m be
#PBS -V

## Set number of nodes and number of processor per node
#PBS -l nodes=1:ppn=12
cd $PBS_O_WORKDIR
## Specify the job name
##PBS -S /bin/sh
#PBS -N vasp
##PBS -q zhou2

## Join the standard error and the standard output into 1 file output
#PBS -j oe
##PBS -m be
#PBS -V

## Set number of nodes and number of processor per node
#PBS -l nodes=1:ppn=12
cd $PBS_O_WORKDIR

# The program we want to execute (modify to suit your setup)
EXEC=vasp
#EXEC=/public/VASP/vasp.5.2/vasp-p
#EXEC=/public/VASP/vasp.5.2/vasp-g

# setup mpd env (Of course use some other secret word than "dfadfs"

#if [ ! -f ~/.mpd.conf ]; then
#/bin/echo "secretword=dfadfs" >> ~/.mpd.conf
#/bin/chmod 600 ~/.mpd.conf
#fi

##########################################################
# The following should be no need to
# change any of these settings for normal use.
##########################################################

# Intel MPI Home
MPI_HOME=/public/intel/impi/3.1

# setup hostfile
cat $PBS_NODEFILE|uniq >> $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts
echo "host: "
cat $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts
echo "---------------------------"
# setup Nums of Processor
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo "Numbers of Processors: $NP"
echo "---------------------------"

# Number of MPD
N_MPD=`cat $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts|wc -l`
echo "started mpd Number: $N_MPD"
echo "---------------------------"

# setup mpi env (em64t)
$MPI_HOME/bin64/mpdboot -r rsh -n $N_MPD -f $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts

# running program
$MPI_HOME/bin64/mpiexec -genv I_MPI_DEBUG 3 -genv I_MPI_DEVICE ssm -n $NP $EXEC

# clean
$MPI_HOME/bin64/mpdallexit
rm -rf $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts

你根据你的情况修改一些变量吧