应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 采用PBS脚本第一次提交任务，算了1步就被杀死，有错误提示但不知道原因？
202/2返回列表上一页12
查看: 3563  |  回复: 19
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★
WDD880227: 金币+1, 感谢回帖帮助 2012-04-25 08:40:20
引用回帖:
10楼: Originally posted by VASP_2012 at 2012-04-25 06:23:13:
请问加上mpd & 是什么意思啊？

有些mpi需要先启动mpd才能正常并行，我不确定，但也不妨试试看吧
赞一下 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
11楼2012-04-25 08:31:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhost

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
WDD880227: 金币+1, 感谢交流提示 2012-04-25 08:40:08
你在前几行加一句

#PBS -o vasp.err

运行后看看有什么错误没

我也觉得可能是mpi没装好
赞一下 回复此楼
12楼2012-04-25 08:39:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

VASP_2012

新虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by qzhost at 2012-04-25 08:39:19:
你在前几行加一句

#PBS -o vasp.err

运行后看看有什么错误没

我也觉得可能是mpi没装好

加了阿，就是这个错误：

mpirun: killing job...
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 32211 on node r1i3n3 exited on signal 0 (Unknown signal 0).
--------------------------------------------------------------------------
mpirun: clean termination accomplished
赞一下 回复此楼
13楼2012-04-25 15:24:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhost

木虫 (小有名气)
你把脚本里的命令全部在命令行输一遍，看还有什么其它提示没

没有的话就换个MPI装吧
赞一下 回复此楼
14楼2012-04-25 20:20:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

VASP_2012

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by qzhost at 2012-04-25 20:20:15:
你把脚本里的命令全部在命令行输一遍，看还有什么其它提示没

没有的话就换个MPI装吧

集群上的mpi，我觉得应该没有问题阿
赞一下 回复此楼
15楼2012-04-25 22:05:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010: 金币+1, 多谢指导~ 2012-04-26 09:31:22
引用回帖:
15楼: Originally posted by VASP_2012 at 2012-04-25 22:05:32:
集群上的mpi，我觉得应该没有问题阿

这个与你的环境变量关系很大，这个脚本要不缴入一些你们集群mpi的信息吧，当时我给你的时候把那些删除了，因为各个集群mpi安装位置不一样贴出来怕你直接弄进去。
赞一下 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
16楼2012-04-26 08:58:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

VASP_2012

新虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-04-26 08:58:25:
这个与你的环境变量关系很大，这个脚本要不缴入一些你们集群mpi的信息吧，当时我给你的时候把那些删除了，因为各个集群mpi安装位置不一样贴出来怕你直接弄进去。

麻烦版主贴出完整版，我再修改试以下。谢谢～
赞一下 回复此楼
17楼2012-04-26 11:43:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流！ 2012-04-26 14:35:28
试试：
mpirun后面加上 -machefile $PBS_NODEFILE 再-np xx vasp
赞一下 回复此楼
集中精力发文章
18楼2012-04-26 13:26:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教 2012-04-26 14:35:43
VASP_2012: 金币+9, ★★★★★最佳答案 2012-05-01 02:42:39
引用回帖:
17楼: Originally posted by VASP_2012 at 2012-04-26 11:43:14:
麻烦版主贴出完整版，我再修改试以下。谢谢～

## Specify the job name
##PBS -S /bin/sh
#PBS -N vasp
##PBS -q zhou2

## Join the standard error and the standard output into 1 file output
#PBS -j oe
##PBS -m be
#PBS -V

## Set number of nodes and number of processor per node
#PBS -l nodes=1:ppn=12
cd $PBS_O_WORKDIR
## Specify the job name
##PBS -S /bin/sh
#PBS -N vasp
##PBS -q zhou2

## Join the standard error and the standard output into 1 file output
#PBS -j oe
##PBS -m be
#PBS -V

## Set number of nodes and number of processor per node
#PBS -l nodes=1:ppn=12
cd $PBS_O_WORKDIR

# The program we want to execute (modify to suit your setup)
EXEC=vasp
#EXEC=/public/VASP/vasp.5.2/vasp-p
#EXEC=/public/VASP/vasp.5.2/vasp-g

# setup mpd env (Of course use some other secret word than "dfadfs"
#if [ ! -f ~/.mpd.conf ]; then
#/bin/echo "secretword=dfadfs" >> ~/.mpd.conf
#/bin/chmod 600 ~/.mpd.conf
#fi


##########################################################
# The following should be no need to
#       change any of these settings for normal use.
##########################################################


# Intel MPI Home
MPI_HOME=/public/intel/impi/3.1

# setup hostfile
cat $PBS_NODEFILE|uniq >> $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts
echo "host: "
cat $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts
echo "---------------------------"
# setup Nums of Processor
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo "Numbers of Processors:  $NP"
echo "---------------------------"

# Number of MPD
N_MPD=`cat $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts|wc -l`
echo "started mpd Number: $N_MPD"
echo "---------------------------"

# setup mpi env (em64t)
$MPI_HOME/bin64/mpdboot -r rsh -n $N_MPD -f $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts


# running program
$MPI_HOME/bin64/mpiexec -genv I_MPI_DEBUG 3 -genv I_MPI_DEVICE ssm -n $NP $EXEC

# clean
$MPI_HOME/bin64/mpdallexit
rm -rf $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts

你根据你的情况修改一些变量吧
赞一下(1人) 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
19楼2012-04-26 14:32:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhjh888888

银虫 (小有名气)
e)         设定该队列中任务默认运行时间为12分钟(CPU时间)
qmgr -c “s q normal resources_default.cput=12:00″

是不是这里时间太短的问题
赞一下 回复此楼
路在脚下！
20楼2014-04-30 13:53:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 VASP_2012 的主题更新
202/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[职场人生] 40+中年人失业后，还能找到好工作吗？ +9 xqy2009 2026-10-13 11/550 2026-10-15 16:37 by beefly
[有机交流] 用NBS溴化时溶剂除了CCl4外还有什么 +3 18834002860 2026-10-12 6/300 2026-10-15 14:30 by 长沙摩尔信息科�
[基金申请] 申请科研项目纯靠实力能成功吗？ 200+7 David1982 2026-10-13 11/550 2026-10-15 10:30 by zyqchem
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +11 Isak0320 2026-10-12 15/750 2026-10-14 21:55 by 猫鱼不是鱼
[论文投稿] 二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores 10+3 纳斯达克ML 2026-10-11 4/200 2026-10-14 17:30 by babero
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +8 wangyl_123 2026-10-10 13/650 2026-10-14 15:12 by zuesli
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +4 好运来～9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭