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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 采用PBS脚本第一次提交任务，算了1步就被杀死，有错误提示但不知道原因？
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)
★
WDD880227: 金币+1, 感谢回帖帮助 2012-04-25 08:40:20
引用回帖:
10楼: Originally posted by VASP_2012 at 2012-04-25 06:23:13:
请问加上mpd & 是什么意思啊？

有些mpi需要先启动mpd才能正常并行，我不确定，但也不妨试试看吧
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
11楼2012-04-25 08:31:10
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qzhost

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
WDD880227: 金币+1, 感谢交流提示 2012-04-25 08:40:08
你在前几行加一句

#PBS -o vasp.err

运行后看看有什么错误没

我也觉得可能是mpi没装好
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12楼2012-04-25 08:39:19
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VASP_2012

新虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by qzhost at 2012-04-25 08:39:19:
你在前几行加一句

#PBS -o vasp.err

运行后看看有什么错误没

我也觉得可能是mpi没装好

加了阿，就是这个错误：

mpirun: killing job...
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 32211 on node r1i3n3 exited on signal 0 (Unknown signal 0).
--------------------------------------------------------------------------
mpirun: clean termination accomplished
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13楼2012-04-25 15:24:23
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qzhost

木虫 (小有名气)
你把脚本里的命令全部在命令行输一遍，看还有什么其它提示没

没有的话就换个MPI装吧
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14楼2012-04-25 20:20:15
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VASP_2012

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by qzhost at 2012-04-25 20:20:15:
你把脚本里的命令全部在命令行输一遍，看还有什么其它提示没

没有的话就换个MPI装吧

集群上的mpi，我觉得应该没有问题阿
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15楼2012-04-25 22:05:32
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010: 金币+1, 多谢指导~ 2012-04-26 09:31:22
引用回帖:
15楼: Originally posted by VASP_2012 at 2012-04-25 22:05:32:
集群上的mpi，我觉得应该没有问题阿

这个与你的环境变量关系很大，这个脚本要不缴入一些你们集群mpi的信息吧，当时我给你的时候把那些删除了，因为各个集群mpi安装位置不一样贴出来怕你直接弄进去。
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
16楼2012-04-26 08:58:25
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VASP_2012

新虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-04-26 08:58:25:
这个与你的环境变量关系很大，这个脚本要不缴入一些你们集群mpi的信息吧，当时我给你的时候把那些删除了，因为各个集群mpi安装位置不一样贴出来怕你直接弄进去。

麻烦版主贴出完整版，我再修改试以下。谢谢～
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17楼2012-04-26 11:43:14
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04nylxb

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流！ 2012-04-26 14:35:28
试试：
mpirun后面加上 -machefile $PBS_NODEFILE 再-np xx vasp
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集中精力发文章
18楼2012-04-26 13:26:55
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教 2012-04-26 14:35:43
VASP_2012: 金币+9, ★★★★★最佳答案 2012-05-01 02:42:39
引用回帖:
17楼: Originally posted by VASP_2012 at 2012-04-26 11:43:14:
麻烦版主贴出完整版，我再修改试以下。谢谢～

## Specify the job name
##PBS -S /bin/sh
#PBS -N vasp
##PBS -q zhou2

## Join the standard error and the standard output into 1 file output
#PBS -j oe
##PBS -m be
#PBS -V

## Set number of nodes and number of processor per node
#PBS -l nodes=1:ppn=12
cd $PBS_O_WORKDIR
## Specify the job name
##PBS -S /bin/sh
#PBS -N vasp
##PBS -q zhou2

## Join the standard error and the standard output into 1 file output
#PBS -j oe
##PBS -m be
#PBS -V

## Set number of nodes and number of processor per node
#PBS -l nodes=1:ppn=12
cd $PBS_O_WORKDIR

# The program we want to execute (modify to suit your setup)
EXEC=vasp
#EXEC=/public/VASP/vasp.5.2/vasp-p
#EXEC=/public/VASP/vasp.5.2/vasp-g

# setup mpd env (Of course use some other secret word than "dfadfs"
#if [ ! -f ~/.mpd.conf ]; then
#/bin/echo "secretword=dfadfs" >> ~/.mpd.conf
#/bin/chmod 600 ~/.mpd.conf
#fi


##########################################################
# The following should be no need to
#       change any of these settings for normal use.
##########################################################


# Intel MPI Home
MPI_HOME=/public/intel/impi/3.1

# setup hostfile
cat $PBS_NODEFILE|uniq >> $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts
echo "host: "
cat $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts
echo "---------------------------"
# setup Nums of Processor
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo "Numbers of Processors:  $NP"
echo "---------------------------"

# Number of MPD
N_MPD=`cat $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts|wc -l`
echo "started mpd Number: $N_MPD"
echo "---------------------------"

# setup mpi env (em64t)
$MPI_HOME/bin64/mpdboot -r rsh -n $N_MPD -f $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts


# running program
$MPI_HOME/bin64/mpiexec -genv I_MPI_DEBUG 3 -genv I_MPI_DEVICE ssm -n $NP $EXEC

# clean
$MPI_HOME/bin64/mpdallexit
rm -rf $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts

你根据你的情况修改一些变量吧
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
19楼2012-04-26 14:32:26
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zhjh888888

银虫 (小有名气)
e)         设定该队列中任务默认运行时间为12分钟(CPU时间)
qmgr -c “s q normal resources_default.cput=12:00″

是不是这里时间太短的问题
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路在脚下！
20楼2014-04-30 13:53:32
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