24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
查看: 2676  |  回复: 19

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)


WDD880227: 金币+1, 感谢回帖帮助 2012-04-25 08:40:20
引用回帖:
10楼: Originally posted by VASP_2012 at 2012-04-25 06:23:13:
请问加上mpd & 是什么意思啊?

有些mpi需要先启动mpd才能正常并行,我不确定,但也不妨试试看吧
嘟啦啦嘟啦啦嘟
11楼2012-04-25 08:31:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhost

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


WDD880227: 金币+1, 感谢交流提示 2012-04-25 08:40:08
你在前几行加一句

#PBS -o vasp.err

运行后看看有什么错误没

我也觉得可能是mpi没装好
12楼2012-04-25 08:39:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

VASP_2012

新虫 (小有名气)

引用回帖:
12楼: Originally posted by qzhost at 2012-04-25 08:39:19:
你在前几行加一句

#PBS -o vasp.err

运行后看看有什么错误没

我也觉得可能是mpi没装好

加了阿,就是这个错误:

mpirun: killing job...
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 32211 on node r1i3n3 exited on signal 0 (Unknown signal 0).
--------------------------------------------------------------------------
mpirun: clean termination accomplished
13楼2012-04-25 15:24:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qzhost

木虫 (小有名气)

你把脚本里的命令全部在命令行输一遍,看还有什么其它提示没

没有的话就换个MPI装吧
14楼2012-04-25 20:20:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

VASP_2012

新虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by qzhost at 2012-04-25 20:20:15:
你把脚本里的命令全部在命令行输一遍,看还有什么其它提示没

没有的话就换个MPI装吧

集群上的mpi,我觉得应该没有问题阿
15楼2012-04-25 22:05:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


uuv2010: 金币+1, 多谢指导~ 2012-04-26 09:31:22
引用回帖:
15楼: Originally posted by VASP_2012 at 2012-04-25 22:05:32:
集群上的mpi,我觉得应该没有问题阿

这个与你的环境变量关系很大,这个脚本要不缴入一些你们集群mpi的信息吧,当时我给你的时候把那些删除了,因为各个集群mpi安装位置不一样贴出来怕你直接弄进去。
嘟啦啦嘟啦啦嘟
16楼2012-04-26 08:58:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

VASP_2012

新虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-04-26 08:58:25:
这个与你的环境变量关系很大,这个脚本要不缴入一些你们集群mpi的信息吧,当时我给你的时候把那些删除了,因为各个集群mpi安装位置不一样贴出来怕你直接弄进去。

麻烦版主贴出完整版,我再修改试以下。谢谢~
17楼2012-04-26 11:43:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流! 2012-04-26 14:35:28
试试:
mpirun后面加上 -machefile $PBS_NODEFILE 再-np xx vasp
集中精力发文章
18楼2012-04-26 13:26:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fzx2008: 金币+3, 谢谢指教 2012-04-26 14:35:43
VASP_2012: 金币+9, ★★★★★最佳答案 2012-05-01 02:42:39
引用回帖:
17楼: Originally posted by VASP_2012 at 2012-04-26 11:43:14:
麻烦版主贴出完整版,我再修改试以下。谢谢~

## Specify the job name
##PBS -S /bin/sh
#PBS -N vasp
##PBS -q zhou2

## Join the standard error and the standard output into 1 file output
#PBS -j oe
##PBS -m be
#PBS -V

## Set number of nodes and number of processor per node
#PBS -l nodes=1:ppn=12
cd $PBS_O_WORKDIR
## Specify the job name
##PBS -S /bin/sh
#PBS -N vasp
##PBS -q zhou2

## Join the standard error and the standard output into 1 file output
#PBS -j oe
##PBS -m be
#PBS -V

## Set number of nodes and number of processor per node
#PBS -l nodes=1:ppn=12
cd $PBS_O_WORKDIR

# The program we want to execute (modify to suit your setup)
EXEC=vasp
#EXEC=/public/VASP/vasp.5.2/vasp-p
#EXEC=/public/VASP/vasp.5.2/vasp-g

# setup mpd env (Of course use some other secret word than "dfadfs"
#if [ ! -f ~/.mpd.conf ]; then
#/bin/echo "secretword=dfadfs" >> ~/.mpd.conf
#/bin/chmod 600 ~/.mpd.conf
#fi


##########################################################
# The following should be no need to
#       change any of these settings for normal use.
##########################################################


# Intel MPI Home
MPI_HOME=/public/intel/impi/3.1

# setup hostfile
cat $PBS_NODEFILE|uniq >> $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts
echo "host: "
cat $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts
echo "---------------------------"
# setup Nums of Processor
NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`
echo "Numbers of Processors:  $NP"
echo "---------------------------"

# Number of MPD
N_MPD=`cat $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts|wc -l`
echo "started mpd Number: $N_MPD"
echo "---------------------------"

# setup mpi env (em64t)
$MPI_HOME/bin64/mpdboot -r rsh -n $N_MPD -f $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts


# running program
$MPI_HOME/bin64/mpiexec -genv I_MPI_DEBUG 3 -genv I_MPI_DEVICE ssm -n $NP $EXEC

# clean
$MPI_HOME/bin64/mpdallexit
rm -rf $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts

你根据你的情况修改一些变量吧
嘟啦啦嘟啦啦嘟
19楼2012-04-26 14:32:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhjh888888

银虫 (小有名气)

e)         设定该队列中任务默认运行时间为12分钟(CPU时间)
qmgr -c “s q normal resources_default.cput=12:00″

是不是这里时间太短的问题
路在脚下!
20楼2014-04-30 13:53:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 VASP_2012 的主题更新
信息提示
请填处理意见