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VASP_2012新虫 (小有名气)
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采用PBS脚本第一次提交任务，算了1步就被杀死，有错误提示但不知道原因？
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PBS脚本如下： ## Specify the job name ##PBS -S /bin/sh #PBS -N new ##PBS -q zhou ## Join the standard error and the standard output into 1 file output #PBS -j oe ##PBS -m be #PBS -V ## Set number of nodes and number of processor per node #PBS -l nodes=2:ppn=2 cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 4 vasp rm -rf $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts 错误提示如下： N E dE d eps ncg rms rms(c) RMM: 1 0.112962560756E+03 0.11296E+03 -0.69848E+03 1512 0.693E+02 mpirun: killing job... -------------------------------------------------------------------------- mpirun noticed that process rank 0 with PID 32211 on node r1i3n3 exited on signal 0 (Unknown signal 0). -------------------------------------------------------------------------- mpirun: clean termination accomplished 请问是什么原因造成的？应该如何修改？ |
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VASP_2012: 金币+9, ★★★★★最佳答案 2012-05-01 02:42:39
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## Specify the job name ##PBS -S /bin/sh #PBS -N vasp ##PBS -q zhou2 ## Join the standard error and the standard output into 1 file output #PBS -j oe ##PBS -m be #PBS -V ## Set number of nodes and number of processor per node #PBS -l nodes=1:ppn=12 cd $PBS_O_WORKDIR ## Specify the job name ##PBS -S /bin/sh #PBS -N vasp ##PBS -q zhou2 ## Join the standard error and the standard output into 1 file output #PBS -j oe ##PBS -m be #PBS -V ## Set number of nodes and number of processor per node #PBS -l nodes=1:ppn=12 cd $PBS_O_WORKDIR # The program we want to execute (modify to suit your setup) EXEC=vasp #EXEC=/public/VASP/vasp.5.2/vasp-p #EXEC=/public/VASP/vasp.5.2/vasp-g # setup mpd env (Of course use some other secret word than "dfadfs"  #if [ ! -f ~/.mpd.conf ]; then #/bin/echo "secretword=dfadfs" >> ~/.mpd.conf #/bin/chmod 600 ~/.mpd.conf #fi ########################################################## # The following should be no need to # change any of these settings for normal use. ########################################################## # Intel MPI Home MPI_HOME=/public/intel/impi/3.1 # setup hostfile cat $PBS_NODEFILE|uniq >> $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts echo "host: " cat $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts echo "---------------------------" # setup Nums of Processor NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l` echo "Numbers of Processors: $NP" echo "---------------------------" # Number of MPD N_MPD=`cat $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts|wc -l` echo "started mpd Number: $N_MPD" echo "---------------------------" # setup mpi env (em64t) $MPI_HOME/bin64/mpdboot -r rsh -n $N_MPD -f $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts # running program $MPI_HOME/bin64/mpiexec -genv I_MPI_DEBUG 3 -genv I_MPI_DEVICE ssm -n $NP $EXEC # clean $MPI_HOME/bin64/mpdallexit rm -rf $PBS_JOBID-$PBS_JOBCOOKIE.hosts 你根据你的情况修改一些变量吧 |
19楼2012-04-26 14:32:26
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