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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 如何确定激酶的gatekeeper残基是哪一个？
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win雨

银虫 (小有名气)

[求助] 如何确定激酶的gatekeeper残基是哪一个？

看文献里可根据激酶中gatekeeper残基的不同设计选择性的激酶抑制剂，但怎么知道那个是gatekeeper残基呢？希望大家给与指导，或给点相关资料，很着急！
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1楼 2012-04-12 09:55:12
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-13 07:43:54
win雨: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-04-13 08:41:36
可以这么做，主要是看活性数据如何，做DFG-in构象，有利于写文章，但是真正实用性并不大。如BCR-ABL的imatinib当初发现就是这样结合模式，但是后来发现的更高活性的化合物是作用于邻近部位，引起活性位点的构象变化。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2012-04-13 06:46:53
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-04-12 12:50:08
多数是晶体结构解析出来，还有就是经验。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2012-04-12 11:55:26
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win雨

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tjegg at 2012-04-12 11:55:26:
多数是晶体结构解析出来，还有就是经验。

哦，我还以为通过序列和结构比对就可以看出来呢。我还想请教一下，我想做虚拟筛选，寻找激酶抑制剂，是不是要选DFG-in构象的结构来筛啊？
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3楼2012-04-12 20:26:12
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win雨

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tjegg at 2012-04-13 06:46:53:
可以这么做，主要是看活性数据如何，做DFG-in构象，有利于写文章，但是真正实用性并不大。如BCR-ABL的imatinib当初发现就是这样结合模式，但是后来发现的更高活性的化合物是作用于邻近部位，引起活性位点的构象变 ...

谢谢啦，那对于gly-rich loop要怎么处理呀，这段的构象不大一样，不知道选哪个模板？
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5楼2012-04-13 08:41:29
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