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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp下的molden读出的图形跟MS建模的结构差距太大
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liufeila

新虫 (小有名气)

[交流] vasp下的molden读出的图形跟MS建模的结构差距太大 已有1人参与

vasp5.0以上的CONTCAR可以由molden读出来，但是contcar里面元素符号删除了的，write成.xyz格式，添加了元素符号，结构再读该文件，整个图形跟MS最初建模的时候相去甚远。几乎没有原型了。大家有遇见这种问题吗？还是vmd读出的图形效果更好呢？
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1楼 2012-04-09 16:36:54
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

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★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 2012-04-09 19:19:06
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2012-04-09 19:19:14
如果坐标一样的话，只是显示的问题，那么可以MS作图，好看一些
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2楼2012-04-09 16:58:17
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liufeila

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2012-04-09 16:58:17:
如果坐标一样的话，只是显示的问题，那么可以MS作图，好看一些

就是MS作图，得到vasp需要的POSCAR文件。VASP的优化过程应该不会改变构型吧。顺便问问，对于复杂的氧化物某一晶面的构型，KPOINTS取gamma点计算够了吗？还有INCAR文件的精度，目前我以0.1算着的，因为改变精度以后，VASP就不能跑了。这个问题能解决吗？
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3楼2012-04-09 17:11:35
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uuv2010

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优秀版主
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by liufeila at 2012-04-09 17:11:35:
就是MS作图，得到vasp需要的POSCAR文件。VASP的优化过程应该不会改变构型吧。顺便问问，对于复杂的氧化物某一晶面的构型，KPOINTS取gamma点计算够了吗？还有INCAR文件的精度，目前我以0.1算着的，因为改变精度以 ...

优化过程为什么不会改变构型？
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4楼2012-04-09 20:18:09
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liufeila

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by uuv2010 at 2012-04-09 20:18:09:
优化过程为什么不会改变构型？

我觉得大致的构型不会改变。
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5楼2012-04-10 09:11:31
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