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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 动力学的平衡状态判定依据只能看RMSD吗?请帮忙看看这个快10ns的结果稳定否,谢谢

请各位帮看看这个稳定了没?AMBER跑的,快10ns,谢谢
没稳定的话,大概需要再跑多久呢? 稳定的话,取哪一段比较好呢?
主要研究小分子和酶的结合构象,谢谢

RMSD



RMSF



EPTOT



DENSITY
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petersen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-07 13:48:12
cfmzxf84: 金币+5, 每次都是看着快ok了,再跑个500ps就不稳定了 2012-04-08 20:32:43
可以再跑跑啊!从RMSD看最后几ns稳定在了2.0左右,可以再跑个2-5ns确认后面不会出现急剧上升或下降。
2楼2012-04-07 13:39:37
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wshzxcc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-08 08:57:37
cfmzxf84: 金币+5, 就是不知道什么时候能稳定啊,纠结 2012-04-08 20:33:07
趋势来看已经达到稳定了啊
自学成才
3楼2012-04-08 08:53:52
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