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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 动力学的平衡状态判定依据只能看RMSD吗？请帮忙看看这个快10ns的结果稳定否，谢谢
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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

[求助] 动力学的平衡状态判定依据只能看RMSD吗？请帮忙看看这个快10ns的结果稳定否，谢谢

请各位帮看看这个稳定了没？AMBER跑的，快10ns，谢谢
没稳定的话，大概需要再跑多久呢？ 稳定的话，取哪一段比较好呢？
主要研究小分子和酶的结合构象，谢谢

RMSD



RMSF



EPTOT



DENSITY
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1楼 2012-04-07 10:48:45
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petersen

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-04-07 13:48:12
cfmzxf84: 金币+5, 每次都是看着快ok了，再跑个500ps就不稳定了 2012-04-08 20:32:43
可以再跑跑啊！从RMSD看最后几ns稳定在了2.0左右，可以再跑个2-5ns确认后面不会出现急剧上升或下降。
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2楼2012-04-07 13:39:37
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wshzxcc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-08 08:57:37
cfmzxf84: 金币+5, 就是不知道什么时候能稳定啊，纠结 2012-04-08 20:33:07
趋势来看已经达到稳定了啊
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自学成才
3楼2012-04-08 08:53:52
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