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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 有关ATK和siesta结构优化问题
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arthurt53

新虫 (初入文坛)

[求助] 有关ATK和siesta结构优化问题

新手刚接触atk，用的是vnl，用它建完模型之后进行结构优化，但发现结构优化的速度很慢（跑了一个两条石墨烯纳米带中间加碳链的模型跑了5天多），据说用siesta对同样的模型进行结构优化速度会提升很多，想请教下siesta能不能跑带电极的模型，还有就是怎么把在vnl下建的模型导到siesta里进行结构优化再把它导出来...
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1楼2012-04-05 11:13:30
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cclw

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指导 2012-04-05 11:43:52
siesta提供线性标度算法，100个原子以上的体系会比较快，可以跑带电极的模型，不过siesta跑贵金属的收敛比较困难。vnl下的模型没法直接导入siesta，可以用ms建模再稍作格式修改再导入siesta计算。
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2楼2012-04-05 11:31:52
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-04-05 17:38:49
听说ATK不是有一个模块叫SE吗？用它先做一下优化，然后将优化结果再用ATK中DFT模块优化。这样能省不少时间吧。
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弘德明志博学笃行
3楼2012-04-05 15:33:50
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