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关于受体的active与inactive状态模拟
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假如有一个膜蛋白受体（GPCR），可以结合不同的 agonist（激动剂）与antagonist（拮抗剂）配体，从而介导不同的信号通路，前者使得受体active，后者导致其inactive，在结构上的构象是不同的。现在有这个受体与拮抗剂的复合物晶体，我如何利用这个结构模拟受体与激动剂的结合呢？因为结晶的构象是inactive的啊。求攻略。。。 可不可以将复合物晶体中的拮抗剂去掉，然后跑空载的受体的MD，待稳定了之后再dock激动剂，是不是就比较合理了呢？还是有其他的办法？ 谢谢  |
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【答案】应助回帖
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zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-04-02 11:00:09
lovedi: 金币+5 2012-04-02 11:43:22
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看下这篇文章吧 http://www.pnas.org/content/108/32/13118.abstract 受体从inactive到active需要毫秒级的时间，现在的机器还做不了这个，再等个一二十年估计硬件可以达到这个水平 |
2楼2012-04-02 10:30:58