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2008ynu

铁虫 (小有名气)

[求助] 如何计算点到面与面到面的距离和相关偏差?

计算点到面 或者 二面角, 是以在.ins加mpla命令还是在diamond中计算为准?好像两者计算出来的不一样,两者计算的数据括号内都有误差值,不过可能论文中以ins计算为好?
这样有个问题:.ins中,对称操作产生的原子,如O2A,N1B等计算不进平面啊,像这样mpla O1 O2A...就不行了,怎么办呢?
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fmopily

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
lichun1210: 金币+1, 鼓励回帖交流~ 2012-03-30 08:38:41
你就用diamond中计算为准吧  应该可以的
2楼2012-03-29 15:23:08
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2008ynu

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fmopily at 2012-03-29 15:23:08:
你就用diamond中计算为准吧  应该可以的

两者计算出来的数值真不一样。
在ins中怎么算一个包括对称操作产生的原子的平面啊?有木有人知道啊?
3楼2012-03-30 08:36:27
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
2008ynu: 金币+20, ★★★★★最佳答案, XI2004老师 很专业 2012-03-30 12:43:59
当然以.ins中的为准。
这时要加对称操作。
格式如下
eqiv $1 1-x, 1-y, 1-z
eqiv $2 2-x, 0.5+y, 0.5-z
mpla o1 o2 o3 o4 n1_$1 n2_$2
xi2004-emuch@163.com
4楼2012-03-30 09:12:30
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2008ynu

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xi2004 at 2012-03-30 09:12:30:
当然以.ins中的为准。
这时要加对称操作。
格式如下
eqiv $1 1-x, 1-y, 1-z
eqiv $2 2-x, 0.5+y, 0.5-z
mpla o1 o2 o3 o4 n1_$1 n2_$2

传说中的XI2004老师果然厉害。
我想计算 N2 到 平面O1 N1 O2 O3A 的距离,找到O3的操作码,命令格式如下:
eqiv $1 -0.5-x,0.5+y,0.5-z
MPLA 4 O1 N1 O2 O3_$1 N2
得到:
Least-squares planes (x,y,z in crystal coordinates) and deviations from them
(* indicates atom used to define plane)
*   -0.1566 (0.0017)  O1
*    0.7543 (0.0021)  N1
*   -0.8345 (0.0022)  O2
*    0.2368 (0.0010)  O3_$1
     -0.1484 (0.0051)  N2

这样的命令没错吧? 还有计算出来的距离是-0.1484 (0.0051),负的?
5楼2012-03-30 11:11:08
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

命令是没有问题的,
可能对称码搞错了吧/
xi2004-emuch@163.com
6楼2012-03-30 11:29:29
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2008ynu

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by xi2004 at 2012-03-30 11:29:29:
命令是没有问题的,
可能对称码搞错了吧/

C1与O3连,我是用envi C1 找的。
我理解的是原子在所建平面的两侧,故有正负,不知道多不对
7楼2012-03-30 12:14:15
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

这平面性也太差了吧。
一般偏离这么大,我们就不把它当作一个平面了。
xi2004-emuch@163.com
8楼2012-03-30 12:24:26
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2008ynu

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by xi2004 at 2012-03-30 12:24:26:
这平面性也太差了吧。
一般偏离这么大,我们就不把它当作一个平面了。

5.9865 (0.0092) x + 4.6084 (0.0041) y - 10.3871 (0.0157) z = 1.2586 (0.0070)

*    0.2111 (0.0012)  O1
*   -0.2511 (0.0014)  N1
*    0.2384 (0.0014)  O2
*   -0.1984 (0.0011)  O3_$1
      0.3245 (0.0013)  Co1

Rms deviation of fitted atoms =   0.2257
是,之前找错了,改正后,我算co到平面的距离 结果上,平面性还行吧?
总的额来说,学会了一个命令。其实之前你发过生成氢键表的帖子,收益良多,很牛很热心,真的谢谢!
也祝您每天好心情!
9楼2012-03-30 12:36:55
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