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lei0819

金虫 (正式写手)

xcpu


[求助] abinit 的几个问题

新手用abinit 计算,现在遇到了几个问题,请求过来人给予指点。
1,在集群上提交任务的时候,有的时候会出现各个CPU的临时文件的XXX_LOG_00xx,但有的时候不会出现,这是怎么回事?
在单机上装的串行版本的Abinit计算过程中时候,有一个xxx_STATUS文件,可以实时观察当前的计算进度,从xxx.out文件里面也可以看到类似的计算过程,但是在集群上提交任务的时候,没有出现类似xxx.STATUS的文件可以实时观察当前计算的进程的。把任务提交上去了,显示的在runing,但是没有生成任何的可以观察到当前计算进度的文件,请问这是为什么?
2,在集群上提交任务的时候,一般设置是这样的:
paral_kgb 1
npkpt 12
npspinor 1
npband 1
npfft 1
bandpp 1
有的时候,对输入文件仅仅把 npkpt 的值改变一下,比如由12调成8,计算就类似于无休止了。改制前一个任务3分钟就能完成,改后运行几个小时后还没有结束,请问这是怎么回事?
3,nstep 的应该设置多少,才合理?每次SCF的循环时间是由什么决定的?
比如初始我设定60,很快几分钟就运行结束,提示没有收敛,需要提高SCF的循环次数,所以后来设成了100或者更高,重新运行,但是运行又类似于陷入死循环,无休止的很长时间还没有结束。我想问一下,这个SCF每次循环的时间一定吗?相同吗?为什么前面60次的循环一会儿就结束了,而给出结果,后来改成100时,仅仅增加40次就需要花费这么久时间?难道每次的循环时间在逐渐增加?
4,rprim的设定。在按照例子进行建模的时候,例子提供了acell 和rprim来构建晶胞,在实际应用中,rprim好像不是很直观的得到。比如一些单斜的结构。偶然的一次看到VASP(http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3234667 )里面在借助MS建模的时候用.cell文件里面的%BLOCK LATTICE_CART 项,由于这一项包括原胞基矢和晶格常数,所以为了方便,就把原胞的晶格常数全部设成1,用这一项作为.in文件中的rprim,我对一个简单的例子进行了测试,发现不是那么管用,计算很长时间了还不收敛,这是为什么?该怎么简单可以从%BLOCK LATTICE_CART里面得到rprim呢?谢谢
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lei0819

金虫 (正式写手)

xcpu


没有前辈遇到过这样的情况吗?
2楼2012-03-28 13:45:57
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