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欢仔

银虫 (正式写手)

[求助] 引物退火温度

大家好 我自己设计引物,引物合成单上的温度是63.8度 和 55.41度,在PCR扩增时我的退火温度怎么设计呢,是这两个温度的平均温度吗
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勇于尝试新鲜事物
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欢仔

银虫 (正式写手)

引用回帖:
19楼: Originally posted by atlanticwi at 2012-03-28 00:09:22:
嗯....
引物设计好了是需要Primer BLAST的,因为怕你设计在保守区,有P出同源基因的情况,更有甚者,P出不相干的基因也是可能的。
我们有时候偷懒,不愿这么做,以为25nt以上的Primer基本就无敌了,有一次还是 ...

哦 问个很愚蠢的问题 25nt是primer 的什么指标  谢谢了
勇于尝试新鲜事物
20楼2012-03-28 00:51:34
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查看全部 26 个回答

susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我一般先用低的温度作为Tm扩增,不行的话,再做梯度,不过一般只要引物没问题,选择低的那个都能扩出来。
Thank-you,so-blue.
3楼2012-03-26 16:38:18
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欢仔

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by atlanticwi at 2012-03-26 16:37:48:
嗯...............
首先,不要看引物单子的Tm值,引物单子Tm值是有条件的,比如Na离子浓度等。
然后,你拿什么软件设计的引物,就按那个软件给出你的Tm值来设定退火

这么做有效果没,我软件给出的温度相差有点大
勇于尝试新鲜事物
4楼2012-03-26 17:03:16
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欢仔

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by susizheng at 2012-03-26 16:38:18:
我一般先用低的温度作为Tm扩增,不行的话,再做梯度,不过一般只要引物没问题,选择低的那个都能扩出来。

哦……我试试吧,如果试了好几个温度,都出不来,是不是就说明引物有问题
还有个问题  电泳可以检测CDNA的好坏吗? 我做了,但是不知道结果是什么意思
勇于尝试新鲜事物
5楼2012-03-26 17:05:44
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