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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物退火温度
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欢仔

银虫 (正式写手)

[求助] 引物退火温度

大家好 我自己设计引物，引物合成单上的温度是63.8度 和 55.41度，在PCR扩增时我的退火温度怎么设计呢，是这两个温度的平均温度吗
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勇于尝试新鲜事物
1楼 2012-03-26 16:33:19
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欢仔

银虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 孙启亮 at 2012-03-27 13:46:35:
我觉得你直接做梯度就好了，自己实实在在做出来的才是最真实的。引物设计软件的Tm值也不准，一般要比你实际的低上5度左右。但是你设计的引物由于上下游Tm相差太大，所以必须要做梯度的，当然如果你试了一个温度恰 ...

我才开始做，不太懂，以为梯度会会太浪费试剂
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勇于尝试新鲜事物
14楼2012-03-27 20:25:04
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我一般先用低的温度作为Tm扩增，不行的话，再做梯度，不过一般只要引物没问题，选择低的那个都能扩出来。
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Thank-you，so-blue.
3楼2012-03-26 16:38:18
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欢仔

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by atlanticwi at 2012-03-26 16:37:48:
嗯...............
首先，不要看引物单子的Tm值，引物单子Tm值是有条件的，比如Na离子浓度等。
然后，你拿什么软件设计的引物，就按那个软件给出你的Tm值来设定退火

这么做有效果没，我软件给出的温度相差有点大
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勇于尝试新鲜事物
4楼2012-03-26 17:03:16
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欢仔

银虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by susizheng at 2012-03-26 16:38:18:
我一般先用低的温度作为Tm扩增，不行的话，再做梯度，不过一般只要引物没问题，选择低的那个都能扩出来。

哦……我试试吧，如果试了好几个温度，都出不来，是不是就说明引物有问题
还有个问题  电泳可以检测CDNA的好坏吗？ 我做了，但是不知道结果是什么意思
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勇于尝试新鲜事物
5楼2012-03-26 17:05:44
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