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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子与界面夹角
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memgr

铜虫 (正式写手)

[求助] 分子与界面夹角

我模拟的是表面活性剂分子吸附在水界面上，各位知道怎么求表面活性剂分子与界面之间的夹角吗？谢谢各位
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1楼 2012-03-25 16:24:19
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖: 金币+3, 谢谢回帖交流 2012-03-28 19:44:30
你是不是求 order parameter ？

建议你参考gromacs 里面的 g_order
根据下面的公式来算


[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-3-25 at 19:09 ]
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memgr
2楼2012-03-25 19:07:39
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memgr

铜虫 (正式写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-03-25 19:07:39:
你是不是求 order parameter ？

建议你参考gromacs 里面的 g_order
根据下面的公式来算
ee/96/1108016_1332673748_950.jpg

我试过g_order这条命令，但是老是提示grp 1 does not have same number of elements as grp 1，我试着把碳链的单独写个索引，但是得到的空白文件，是不是索引文件有什么特殊要求啊？谢谢
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3楼2012-03-28 18:16:09
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖: 金币+2, 谢谢回帖交流 2012-03-28 19:44:35
memgr: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-04-23 16:29:32
引用回帖:
3楼: Originally posted by memgr at 2012-03-28 18:16:09:
我试过g_order这条命令，但是老是提示grp 1 does not have same number of elements as grp 1，我试着把碳链的单独写个索引，但是得到的空白文件，是不是索引文件有什么特殊要求啊？谢谢

是的
参考http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/g_order
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4楼2012-03-28 18:41:07
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memgr

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-03-28 18:41:07:
是的
参考http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/g_order

奥 懂了，但是做出来的是角度随时间的变化，可是我想做角度的密度分布，可以用什么命令实现吗？谢谢
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5楼2012-03-29 10:50:28
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青菜001
6楼2012-03-30 10:05:01
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sdjisuan

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-03-25 19:07:39
你是不是求 order parameter ？

建议你参考gromacs 里面的 g_order
根据下面的公式来算

如果想要求order parameter，公式具体的形式请问是怎样的
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Doit!
7楼2013-03-01 10:53:19
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by sdjisuan at 2013-03-01 10:53:19
如果想要求order parameter，公式具体的形式请问是怎样的...

二楼给出了啊！
具体的看看手册吧，手册更详细
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8楼2013-03-01 14:47:34
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