应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助：蛋白质对接 分子动力学
52/1返回列表
查看: 4105  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

苹果变菠萝

金虫 (小有名气)

[求助] 求助：蛋白质对接 分子动力学

一直是用sybyl做对接，但要做蛋白质和九肽的对接，如果用sybyl对接的话，九肽要保存为mol2格式，这样做amber准备复合物的时候就比较麻烦，蛋白质-九肽的对接用刚性对接应该更好解释吧，所以就用了DS 的ZDOCK。接着做动力学模拟，现在做了两个体系，一个体系在不到2ns时，多肽就和蛋白质分开了。另外一个体系现在快跑到5ns了，提出来复合物一看，多肽也变形了。
像这种情况是ZDOCK对接问题还是amber问题？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2012-03-13 20:04:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梦幽兰

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sinokang at 2012-04-21 11:36:11
多肽对接的话，我之前用过MOE，一个25肽，效果还不错，发了篇文章Insights into binding modes of tumstatin peptide T7with the active site of αvβ3 integrin.你看参考一下

你好，MOE具体的操作步骤，或者实用性点的教程有吗？方便发给我一些吗？wwwchifanle@163.com
感激不尽
赞一下 回复此楼
11楼2017-03-26 22:31:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

郝明

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-03-16 08:59:09
苹果变菠萝: 金币+5 2012-04-21 15:12:20
做之前它俩都优化了么 优化下再试试 还有你对接的点对么 我以前对接的点不对出来也是变形的
赞一下 回复此楼
2楼2012-03-16 08:35:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

苹果变菠萝

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 郝明 at 2012-03-16 08:35:04:
做之前它俩都优化了么 优化下再试试 还有你对接的点对么 我以前对接的点不对出来也是变形的

对接之前对他们都没优化，怕影响对接结果。我用的DS的ZDOCK刚性对接，在蛋白质中还有小分子，在DS优化时，小分子就加不上立场，优化失败。DS的优化能识别小分子么？
赞一下 回复此楼
3楼2012-03-16 12:06:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sinokang

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-04-21 14:21:49
苹果变菠萝: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-04-21 15:12:38
苹果变菠萝: 金币+5 2012-04-22 15:06:05
多肽对接的话，我之前用过MOE，一个25肽，效果还不错，发了篇文章Insights into binding modes of tumstatin peptide T7with the active site of αvβ3 integrin.你看参考一下
赞一下 回复此楼
4楼2012-04-21 11:36:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 大家玩filecode，现在的申请与受理打不开了 +3 dcqxinyang 2026-08-14 6/300 2026-08-14 18:03 by 690092147
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +21 医学老男孩 2026-08-13 47/2350 2026-08-14 17:26 by gdd2018
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +6 majunge000 2026-08-11 8/400 2026-08-14 14:44 by 医学老男孩
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 这样的filecode谁见过 +11 布布和一二 2026-08-08 22/1100 2026-08-10 11:10 by wmfsnow
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭