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sdzjc1988木虫 (小有名气)
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[求助]
求教：LAMMPS中DNA的分子建模
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| 求教, 本人想用LAMMPS做DNA的分子动力学模拟，但不知道如何获得DNA的data文件，请问有人知道如何构建DNA的分子模型吗？多谢指点，万分感谢~~ |
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wl2009071613
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
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- 专业: 纳米生物学
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你好，我按找逼得提示找到，lammps路径下的ch2lmp，里面算例有关于DNA的in文件和data文件，在安装make yes-rigid和make可执行文件后，运行lammps出现以下错误提示： =================================================================================== = BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES = EXIT CODE: 139 = CLEANING UP REMAINING PROCESSES = YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES =================================================================================== YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11) This typically refers to a problem with your application. Please see the FAQ page for debugging suggestions. 求指教。 |
11楼2018-04-09 16:02:13
wangzg9292
木虫 (正式写手)
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2楼2012-03-23 08:18:50
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sdzjc1988: 金币+2 2012-03-23 08:40:50
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-25 16:10:43
感谢参与，应助指数 +1
sdzjc1988: 金币+2 2012-03-23 08:40:50
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-25 16:10:43
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做DNA相关的模拟，推荐使用NAMD或者gromacs吧，这两款更适合做生物分子模拟，你找找相关的文献，很少用lammps做。 lammps更适合做材料相关的模拟，而且lammps处理生物分子相关的模拟的适合，很多重要的信息处理起来很麻烦，比如残基，链等相关的信息。 DNA分子建模参考NAMD手册，介绍的非常非常详细。 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ Modeling Nanopores for Sequencing DNA 这部分 |
3楼2012-03-23 08:28:35
4楼2012-03-23 08:29:07