| 查看: 3357 | 回复: 10 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
sdzjc1988木虫 (小有名气)
|
[求助]
求教：LAMMPS中DNA的分子建模
|
||
| 求教, 本人想用LAMMPS做DNA的分子动力学模拟，但不知道如何获得DNA的data文件，请问有人知道如何构建DNA的分子模型吗？多谢指点，万分感谢~~ |
回复此楼» 猜你喜欢
急需调剂
已经有8人回复
-
申博/考博
已经有4人回复
-
化工学硕294分，求导师收留
已经有37人回复
-
求调剂
已经有11人回复
-
260求调剂
已经有4人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有19人回复
-
304求调剂
已经有7人回复
-
求博导｜生物质基多孔碳/超级电容方向，已有相关成果，寻能源材料/碳材料方向老师
已经有3人回复
-
二苯甲酮酸类衍生物
已经有6人回复
-
接受任何调剂
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
wl2009071613
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 263.6
- 红花: 3
- 帖子: 144
- 在线: 21.9小时
- 虫号: 5041810
- 注册: 2016-09-21
- 性别: GG
- 专业: 纳米生物学
|
你好，我按找逼得提示找到，lammps路径下的ch2lmp，里面算例有关于DNA的in文件和data文件，在安装make yes-rigid和make可执行文件后，运行lammps出现以下错误提示： =================================================================================== = BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES = EXIT CODE: 139 = CLEANING UP REMAINING PROCESSES = YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES =================================================================================== YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11) This typically refers to a problem with your application. Please see the FAQ page for debugging suggestions. 求指教。 |
11楼2018-04-09 16:02:13
wangzg9292
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3933
- 散金: 56
- 帖子: 348
- 在线: 89.6小时
- 虫号: 723844
- 注册: 2009-03-16
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2012-03-23 08:18:50
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sdzjc1988: 金币+2 2012-03-23 08:40:50
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-25 16:10:43
感谢参与，应助指数 +1
sdzjc1988: 金币+2 2012-03-23 08:40:50
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-25 16:10:43
|
做DNA相关的模拟，推荐使用NAMD或者gromacs吧，这两款更适合做生物分子模拟，你找找相关的文献，很少用lammps做。 lammps更适合做材料相关的模拟，而且lammps处理生物分子相关的模拟的适合，很多重要的信息处理起来很麻烦，比如残基，链等相关的信息。 DNA分子建模参考NAMD手册，介绍的非常非常详细。 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ Modeling Nanopores for Sequencing DNA 这部分 |
3楼2012-03-23 08:28:35
4楼2012-03-23 08:29:07
50