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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 求教：LAMMPS中DNA的分子建模
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sdzjc1988

木虫 (小有名气)

[求助] 求教：LAMMPS中DNA的分子建模

求教, 本人想用LAMMPS做DNA的分子动力学模拟，但不知道如何获得DNA的data文件，请问有人知道如何构建DNA的分子模型吗？多谢指点，万分感谢~~
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1楼 2012-03-13 11:14:04
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wl2009071613

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-03-25 18:58:33
你没有认真看我的回复哦，我上面给出的链接里就有非常详细的建模过程，当然有DNA分子的势函数，这个用的是CHARMM势

好吧，大家都还是新手，都希望得到的帮助越详细越好，http://mackerell.umaryland.edu/C ...

你好，我按找逼得提示找到，lammps路径下的ch2lmp，里面算例有关于DNA的in文件和data文件，在安装make yes-rigid和make可执行文件后，运行lammps出现以下错误提示：
===================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   EXIT CODE: 139
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
===================================================================================
YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11)
This typically refers to a problem with your application.
Please see the FAQ page for debugging suggestions.
求指教。
赞一下 回复此楼
11楼2018-04-09 16:02:13
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wangzg9292

木虫 (正式写手)
请问你得DNA建好了没有啊
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2楼2012-03-23 08:18:50
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sdzjc1988: 金币+2 2012-03-23 08:40:50
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-03-25 16:10:43
做DNA相关的模拟，推荐使用NAMD或者gromacs吧，这两款更适合做生物分子模拟，你找找相关的文献，很少用lammps做。

lammps更适合做材料相关的模拟，而且lammps处理生物分子相关的模拟的适合，很多重要的信息处理起来很麻烦，比如残基，链等相关的信息。

DNA分子建模参考NAMD手册，介绍的非常非常详细。
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/

Modeling Nanopores for Sequencing DNA 这部分
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3楼2012-03-23 08:28:35
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wangzg9292 at 2012-03-23 08:18:50:
请问你得DNA建好了没有啊

请参考楼上回复
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4楼2012-03-23 08:29:07
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