应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » Bad Fene bond
31/1返回列表
查看: 2072  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

chaonie

铜虫 (初入文坛)

[求助] Bad Fene bond

我也不知道该怎么解决这个问题了。。。。连原因都不知道，麻烦各位帮忙看一下。以下是我的input 和data文件。

另外我希望我的离子能够沿着Y方向的电场力运动，但是他们却不动。。。我已经设置好电场力和电荷了。。。。


#3d electrophoresis            

# 1. create wall
units                    lj
dimension                3
atom_style               hybrid charge bond
boundary                 p p f  




#read_data                 2data.fromCUM
read_data                 data.newdata

bond_style                  fene
bond_coeff                  1 30  1.5 1 1
special_bonds                  fene


#create geometry

lattice                  fcc 1 orient x 1 -2 1 orient y 1 0 -1 orient z 1 1 1
#lattice                   fcc 6.333
region                   Simbox block 0 50 0 45 0 30


#atom regions

region                   stripe1 block 0 50 0 10 0 0.6 units lattice
region                   stripe2 block 0 50 10 20 0 0.6 units lattice
region                   stripe3 block 0 50 20 30 0 0.6 units lattice
region                   stripe4 block 0 50 30 45 0 0.6 units lattice
region                         movingspace block 0 50 0 45 2 30



create_atoms                  3 region stripe1
create_atoms             4 region stripe2
create_atoms             5 region stripe3
create_atoms             6 region stripe4



group                    wall-1 type 3
group                    wall-2 type 4
group                    wall-3 type 5
group                    wall-4 type 6
group                          wall union wall-1 wall-2 wall-3 wall-4
group                          moving type 1 2

#L-J potential
pair_style              lj/cut 1.5
pair_coeff                1 1 1          1
pair_coeff                1 2 1           1
pair_coeff                1 6 3     1
pair_coeff                1 5 2.5           1
pair_coeff                1 4 2.25  1
pair_coeff                1 3 2          1
pair_coeff                2 2 1          1
pair_coeff                2 6 3   1
pair_coeff                2 5 2.5           1
pair_coeff                2 4 2.25  1
pair_coeff                2 3 2          1
pair_coeff                3 3*6 1   1
pair_coeff                4 4*6 1   1
pair_coeff                5 5*6 1   1
pair_coeff                6 6   1   1               

                         


# 2.initial velocities


#fix                         4 all nvt temp 1 1 0.5
fix                         4 all nve

fix                         5 wall setforce 0 0 0
#fix                      e_field moving efield 10 10 0
fix                          6 all wall/harmonic zhi EDGE 5 1 3

# Run

timestep               0.001
thermo                20


dump            2 all xyz 50 testfile.xyz
dump_modify     2 sort id


run             40000


Small system test


180 atoms
144 bonds
0 angles
0 dihedrals
0 impropers

6 atom types
1 bond types
0 angle types
0 dihedral types
0 improper types

0 50 xlo xhi
0 45 ylo yhi
0 30 zlo zhi

Masses

1 1
2 1
3 1
4 1
5 1
6 1

Atoms

1   1   10.45   1.00   4.00   1.00   1
2   1   10.90   1.00   4.00   1.00   1
3   1   11.35   1.00   4.00   1.00   1
4   1   11.80   1.00   4.00   1.00   1
5   1   12.25   1.00   4.00   1.00   1
6   1   12.70   1.00   4.00   1.00   1
7   1   13.15   1.00   4.00   1.00   2
8   1   13.60   1.00   4.00   1.00   2
9   1   14.05   1.00   4.00   1.00   2
10   1   14.50   1.00   4.00   1.00   2
11   1   14.95   1.00   4.00   1.00   2
12   1   15.40   1.00   4.00   1.00   3
13   1   15.85   1.00   4.00   1.00   3
14   1   16.30   1.00   4.00   1.00   3
15   1   16.75   1.00   4.00   1.00   3
16   1   17.20   1.00   4.00   1.00   3
17   1   17.65   1.00   4.00   1.00   4
18   1   18.10   1.00   4.00   1.00   4
19   1   18.55   1.00   4.00   1.00   4
20   1   19.00   1.00   4.00   1.00   4
21   1   19.45   1.00   4.00   1.00   4
22   1   19.90   1.00   4.00   1.00   5
23   1   20.35   1.00   4.00   1.00   5
24   1   20.80   1.00   4.00   1.00   5
25   1   21.25   1.00   4.00   1.00   5
26   1   21.70   1.00   4.00   1.00   5
27   1   22.15   1.00   4.00   1.00   6
28   1   22.60   1.00   4.00   1.00   6
29   1   23.05   1.00   4.00   1.00   6
30   1   25.00   1.00   4.00   1.00   6
31   1   10.45   2.00   4.00   1.00   6
32   1   10.90   2.00   4.00   1.00   7
33   1   11.35   2.00   4.00   1.00   7
34   1   11.80   2.00   4.00   1.00   7
35   1   12.25   2.00   4.00   1.00   7
36   1   12.70   2.00   4.00   1.00   7
37   1   13.15   2.00   4.00   1.00   8
38   1   13.60   2.00   4.00   1.00   8
39   1   14.05   2.00   4.00   1.00   8
40   1   14.50   2.00   4.00   1.00   8
41   1   14.95   2.00   4.00   1.00   8
42   1   15.40   2.00   4.00   1.00   9
43   1   15.85   2.00   4.00   1.00   9
44   1   16.30   2.00   4.00   1.00   9
45   1   16.75   2.00   4.00   1.00   9
46   1   17.20   2.00   4.00   1.00   9
47   1   17.65   2.00   4.00   1.00   10
48   1   18.10   2.00   4.00   1.00   10
49   1   18.55   2.00   4.00   1.00   10
50   1   19.00   2.00   4.00   1.00   10
51   1   19.45   2.00   4.00   1.00   10
52   1   19.90   2.00   4.00   1.00   11
53   1   20.35   2.00   4.00   1.00   11
54   1   20.80   2.00   4.00   1.00   11
55   1   21.25   2.00   4.00   1.00   11
56   1   21.70   2.00   4.00   1.00   11
57   1   22.15   2.00   4.00   1.00   12
58   1   22.60   2.00   4.00   1.00   12
59   1   23.05   2.00   4.00   1.00   12
60   1   25.00   2.00   4.00   1.00   12
61   1   10.45   3.00   4.00   1.00   12
62   1   10.90   3.00   4.00   1.00   13
63   1   11.35   3.00   4.00   1.00   13
64   1   11.80   3.00   4.00   1.00   13
65   1   12.25   3.00   4.00   1.00   13
66   1   12.70   3.00   4.00   1.00   13
67   1   13.15   3.00   4.00   1.00   14
68   1   13.60   3.00   4.00   1.00   14
69   1   14.05   3.00   4.00   1.00   14
70   1   14.50   3.00   4.00   1.00   14
71   1   14.95   3.00   4.00   1.00   14
72   1   15.40   3.00   4.00   1.00   15
73   1   15.85   3.00   4.00   1.00   15
74   1   16.30   3.00   4.00   1.00   15
75   1   16.75   3.00   4.00   1.00   15
76   1   17.20   3.00   4.00   1.00   15
77   1   17.65   3.00   4.00   1.00   16
78   1   18.10   3.00   4.00   1.00   16
79   1   18.55   3.00   4.00   1.00   16
80   1   19.00   3.00   4.00   1.00   16
81   1   19.45   3.00   4.00   1.00   16
82   1   19.90   3.00   4.00   1.00   17
83   1   20.35   3.00   4.00   1.00   17
84   1   20.80   3.00   4.00   1.00   17
85   1   21.25   3.00   4.00   1.00   17
86   1   21.70   3.00   4.00   1.00   17
87   1   22.15   3.00   4.00   1.00   18
88   1   22.60   3.00   4.00   1.00   18
89   1   23.05   3.00   4.00   1.00   18
90   1   25.00   3.00   4.00   1.00   18
91   1   10.45   3.00   5.00   1.00   18
92   1   10.90   3.00   5.00   1.00   19
93   1   11.35   3.00   5.00   1.00   19
94   1   11.80   3.00   5.00   1.00   19
95   1   12.25   3.00   5.00   1.00   19
96   1   12.70   3.00   5.00   1.00   19
97   1   13.15   3.00   5.00   1.00   20
98   1   13.60   3.00   5.00   1.00   20
99   1   14.05   3.00   5.00   1.00   20
100   1   14.50   3.00   5.00   1.00   20
101   2   14.95   3.00   5.00   1.00   20
102   2   15.40   3.00   5.00   1.00   21
103   2   15.85   3.00   5.00   1.00   21
104   2   16.30   3.00   5.00   1.00   21
105   2   16.75   3.00   5.00   1.00   21
106   2   17.20   3.00   5.00   1.00   21
107   2   17.65   3.00   5.00   1.00   22
108   2   18.10   3.00   5.00   1.00   22
109   2   18.55   3.00   5.00   1.00   22
110   2   19.00   3.00   5.00   1.00   22
111   2   19.45   3.00   5.00   1.00   22
112   2   19.90   3.00   5.00   1.00   23
113   2   20.35   3.00   5.00   1.00   23
114   2   20.80   3.00   5.00   1.00   23
115   2   21.25   3.00   5.00   1.00   23
116   2   21.70   3.00   5.00   1.00   23
117   2   22.15   3.00   5.00   1.00   24
118   2   22.60   3.00   5.00   1.00   24
119   2   23.05   3.00   5.00   1.00   24
120   2   25.00   3.00   5.00   1.00   24
121   2   10.45   2.00   5.00   1.00   24
122   2   10.90   2.00   5.00   1.00   25
123   2   11.35   2.00   5.00   1.00   25
124   2   11.80   2.00   5.00   1.00   25
125   2   12.25   2.00   5.00   1.00   25
126   2   12.70   2.00   5.00   1.00   25
127   2   13.15   2.00   5.00   1.00   26
128   2   13.60   2.00   5.00   1.00   26
129   2   14.05   2.00   5.00   1.00   26
130   2   14.50   2.00   5.00   1.00   26
131   2   14.95   2.00   5.00   1.00   26
132   2   15.40   2.00   5.00   1.00   27
133   2   15.85   2.00   5.00   1.00   27
134   2   16.30   2.00   5.00   1.00   27
135   2   16.75   2.00   5.00   1.00   27
136   2   17.20   2.00   5.00   1.00   27
137   2   17.65   2.00   5.00   1.00   28
138   2   18.10   2.00   5.00   1.00   28
139   2   18.55   2.00   5.00   1.00   28
140   2   19.00   2.00   5.00   1.00   28
141   2   19.45   2.00   5.00   1.00   28
142   2   19.90   2.00   5.00   1.00   29
143   2   20.35   2.00   5.00   1.00   29
144   2   20.80   2.00   5.00   1.00   29
145   2   21.25   2.00   5.00   1.00   29
146   2   21.70   2.00   5.00   1.00   29
147   2   22.15   2.00   5.00   1.00   30
148   2   22.60   2.00   5.00   1.00   30
149   2   23.05   2.00   5.00   1.00   30
150   2   25.00   2.00   5.00   1.00   30
151   2   10.45   1.00   5.00   1.00   30
152   2   10.90   1.00   5.00   1.00   31
153   2   11.35   1.00   5.00   1.00   31
154   2   11.80   1.00   5.00   1.00   31
155   2   12.25   1.00   5.00   1.00   31
156   2   12.70   1.00   5.00   1.00   31
157   2   13.15   1.00   5.00   1.00   32
158   2   13.60   1.00   5.00   1.00   32
159   2   14.05   1.00   5.00   1.00   32
160   2   14.50   1.00   5.00   1.00   32
161   2   14.95   1.00   5.00   1.00   32
162   2   15.40   1.00   5.00   1.00   33
163   2   15.85   1.00   5.00   1.00   33
164   2   16.30   1.00   5.00   1.00   33
165   2   16.75   1.00   5.00   1.00   33
166   2   17.20   1.00   5.00   1.00   33
167   2   17.65   1.00   5.00   1.00   34
168   2   18.10   1.00   5.00   1.00   34
169   2   18.55   1.00   5.00   1.00   34
170   2   19.00   1.00   5.00   1.00   34
171   2   19.45   1.00   5.00   1.00   34
172   2   19.90   1.00   5.00   1.00   35
173   2   20.35   1.00   5.00   1.00   35
174   2   20.80   1.00   5.00   1.00   35
175   2   21.25   1.00   5.00   1.00   35
176   2   21.70   1.00   5.00   1.00   35
177   2   22.15   1.00   5.00   1.00   36
178   2   22.60   1.00   5.00   1.00   36
179   2   23.05   1.00   5.00   1.00   36
180   2   25.00   1.00   5.00   1.00   36


Bonds

1   1   1   2
2   1   2   3
3   1   3   4
4   1   4   5
5   1   6   7
6   1   7   8
7   1   8   9
8   1   9   10
9   1   11   12
10   1   12   13
11   1   13   14
12   1   14   15
13   1   16   17
14   1   17   18
15   1   18   19
16   1   19   20
17   1   21   22
18   1   22   23
19   1   23   24
20   1   24   25
21   1   26   27
22   1   27   28
23   1   28   29
24   1   29   30
25   1   31   32
26   1   32   33
27   1   33   34
28   1   34   35
29   1   36   37
30   1   37   38
31   1   38   39
32   1   39   40
33   1   41   42
34   1   42   43
35   1   43   44
36   1   44   45
37   1   46   47
38   1   47   48
39   1   48   49
40   1   49   50
41   1   51   52
42   1   52   53
43   1   53   54
44   1   54   55
45   1   56   57
46   1   57   58
47   1   58   59
48   1   59   60
49   1   61   62
50   1   62   63
51   1   63   64
52   1   64   65
53   1   66   67
54   1   67   68
55   1   68   69
56   1   69   70
57   1   71   72
58   1   72   73
59   1   73   74
60   1   74   75
61   1   76   77
62   1   77   78
63   1   78   79
64   1   79   80
65   1   81   82
66   1   82   83
67   1   83   84
68   1   84   85
69   1   86   87
70   1   87   88
71   1   88   89
72   1   89   90
73   1   91   92
74   1   92   93
75   1   93   94
76   1   94   95
77   1   96   97
78   1   97   98
79   1   98   99
80   1   99   100
81   1   101   102
82   1   102   103
83   1   103   104
84   1   104   105
85   1   106   107
86   1   107   108
87   1   108   109
88   1   109   110
89   1   111   112
90   1   112   113
91   1   113   114
92   1   114   115
93   1   116   117
94   1   117   118
95   1   118   119
96   1   119   120
97   1   121   122
98   1   122   123
99   1   123   124
100   1   124   125
101   1   126   127
102   1   127   128
103   1   128   129
104   1   129   130
105   1   131   132
106   1   132   133
107   1   133   134
108   1   134   135
109   1   136   137
110   1   137   138
111   1   138   139
112   1   139   140
113   1   141   142
114   1   142   143
115   1   143   144
116   1   144   145
117   1   146   147
118   1   147   148
119   1   148   149
120   1   149   150
121   1   151   152
122   1   152   153
123   1   153   154
124   1   154   155
125   1   156   157
126   1   157   158
127   1   158   159
128   1   159   160
129   1   161   162
130   1   162   163
131   1   163   164
132   1   164   165
133   1   166   167
134   1   167   168
135   1   168   169
136   1   169   170
137   1   171   172
138   1   172   173
139   1   173   174
140   1   174   175
141   1   176   177
142   1   177   178
143   1   178   179
144   1   179   180
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-03-07 01:26:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaonie(金币+2): ★有帮助 2012-03-08 07:16:56
请教你几个问题：
1、在lammps 的 in 文件中 # 号是什么意思？ 还有“#fix    e_field moving efield 10 10 0” ，再好好阅读以下手册，就知道为什么“希望我的离子能够沿着Y方向的电场力运动，但是他们却不动。。。”

2、你知道“atom_style               hybrid charge bond” 这种原子类型，在书写data文件的时候，Atoms 部分的内容吗？、

也就是说，你清楚这每一列数字的意义不？

Atoms

1   1   10.45   1.00   4.00   1.00   1
2   1   10.90   1.00   4.00   1.00   1
3   1   11.35   1.00   4.00   1.00   1
4   1   11.80   1.00   4.00   1.00   1
5   1   12.25   1.00   4.00   1.00   1
6   1   12.70   1.00   4.00   1.00   1
7   1   13.15   1.00   4.00   1.00   2
8   1   13.60   1.00   4.00   1.00   2
9   1   14.05   1.00   4.00   1.00   2
10   1   14.50   1.00   4.00   1.00   2

。。。。。。。。。。。。。。。。
。。。。。。。。。。。。。。。。
。。。。。。。。。。。。。。。。
。。。。。。。。。。。。。。。。
赞一下 回复此楼
2楼2012-03-07 08:19:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaonie

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-03-07 08:19:43:
请教你几个问题：
1、在lammps 的 in 文件中 # 号是什么意思？ 还有“#fix    e_field moving efield 10 10 0” ，再好好阅读以下手册，就知道为什么“希望我的离子能够沿着Y方向的电场力运动，但是他们却不动。 ...

那是我贴错了，哈哈，不好意思啊，我运行的文件里面没有“#”。。。。

还有就是我解决问题了， 问题处在region那里，我把重合的部分修正了， 比如0 10， 然后10 20，这样子10 重合的地方。
赞一下 回复此楼
3楼2012-03-08 07:19:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chaonie 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭