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sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)


[交流] ClustalW结果分析的小问题一个

ClustalW得到的结果中有星号(*)、冒号(:)、句号(.),星号和冒号都算高度保守的吧?还是只有星号算?
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sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)


求解答~~
2楼2012-03-06 15:45:39
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sheepyuan

新虫 (初入文坛)


★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
amisking(金币+2): 鼓励发帖交流! 2012-03-06 19:40:58
好歹说清楚用clustalW做什么分析啊……这款软件能搞的东西比较多,你这问题没头没脑,至少我是无法回答的。
3楼2012-03-06 17:12:40
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sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)


引用回帖:
: Originally posted by sheepyuan at 2012-03-06 17:12:40:
好歹说清楚用clustalW做什么分析啊……这款软件能搞的东西比较多,你这问题没头没脑,至少我是无法回答的。

晕……当然是多序列比对了,这貌似是这软件最常用的功能吧。。。
4楼2012-03-07 09:02:35
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小小微生物

金虫 (正式写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
只有*是相同的意思
5楼2012-03-07 09:33:58
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sk8er8irl

铁虫 (初入文坛)


引用回帖:
: Originally posted by 小小微生物 at 2012-03-07 09:33:58:
只有*是相同的意思

恩,对的,但“:”也是高度保守的吧。
6楼2012-03-07 10:23:26
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xiaokoupu

银虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
原文链接:http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/help/faq.html#20b
--------------------------------------------------------------------------------------
An * (asterisk) indicates positions which have a single, fully conserved residue.
A : (colon) indicates conservation between groups of strongly similar properties - scoring > 0.5 in the Gonnet PAM 250 matrix.
A . (period) indicates conservation between groups of weakly similar properties - scoring =< 0.5 in the Gonnet PAM 250 matrix
7楼2012-04-03 19:24:08
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825355051

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
  “-”表示缺失。
  “*”表示参与比对的序列在该位点是完全一致的。
  “:”表示在该列序列可以观察到保守的替换。
  “.”表示在该列序列可以观察到半保守的替换。
8楼2013-03-04 21:13:01
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北楼微生物

金虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
“*” 表示序列上100%的保守区域
“:” 代表保守替换
“.” 代表非保守替换
9楼2013-07-01 16:27:49
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