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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于酶蛋白模型的rmsd问题
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870609

金虫 (小有名气)

[交流] 关于酶蛋白模型的rmsd问题

我打算从其他同源酶蛋白上确定的活性口袋区域来确定自己酶蛋白模型的活性口袋位置，因此先用ds将模型与网上查到的其他几个同源性较高的酶蛋白（非模板蛋白）pdb文件进行了比对叠加计算（Align and Superimpose Proteins），结果显示rmsd值均在2.2左右。请问从此rmsd值上是否可得出某些结论？谢谢指点
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1楼 2012-03-06 08:12:40
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jbolid

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+4): 呵呵，谢谢 2012-03-07 22:26:59
870609(金币+3): 谢谢回复，我的同源性基本在60%多，而且关键氨基酸保守型也非常高。 2012-03-08 07:21:15
不知道你指的同源性较高的酶蛋白（非模板蛋白）的同源性有多少，identity 有30%以上，而且能以及序列分析它的保守氨基酸在这30%里面，就可以按同源蛋白的活性口袋来定位置了。你比较两个不同的蛋白的RMSD值在2.2已经算是在结构上他们很相似了。
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2楼2012-03-07 20:35:38
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