24小时热门版块排行榜

返回列表

870609

金虫 (小有名气)

模拟EPI: 1
应助: 22 (小学生)
金币: 649.3
帖子: 163
在线: 54.1小时
虫号: 852469

[交流] 关于酶蛋白模型的rmsd问题

我打算从其他同源酶蛋白上确定的活性口袋区域来确定自己酶蛋白模型的活性口袋位置，因此先用ds将模型与网上查到的其他几个同源性较高的酶蛋白（非模板蛋白）pdb文件进行了比对叠加计算（Align and Superimpose Proteins），结果显示rmsd值均在2.2左右。请问从此rmsd值上是否可得出某些结论？谢谢指点

回复此楼

» 猜你喜欢

酰胺脱乙酰基已经有9人回复
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福已经有3人回复
CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优已经有5人回复
有70后还继续奋斗在职场上的吗？已经有6人回复
博士延得我，科研能力直往上蹿已经有7人回复
退学或坚持读已经有27人回复
面上基金申报没有其他的参与者成吗已经有5人回复
遇见不省心的家人很难过已经有22人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2012-03-06 08:12:40

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

jbolid

金虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 693.3
帖子: 204
在线: 76.5小时
虫号: 836234

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+4): 呵呵，谢谢 2012-03-07 22:26:59
870609(金币+3): 谢谢回复，我的同源性基本在60%多，而且关键氨基酸保守型也非常高。 2012-03-08 07:21:15

不知道你指的同源性较高的酶蛋白（非模板蛋白）的同源性有多少，identity 有30%以上，而且能以及序列分析它的保守氨基酸在这30%里面，就可以按同源蛋白的活性口袋来定位置了。你比较两个不同的蛋白的RMSD值在2.2已经算是在结构上他们很相似了。

赞一下