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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 求助siesta优化问题
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maomao-666

木虫 (小有名气)

[求助] 求助siesta优化问题

如题，我建的模型是加了羧基吸附的，为什么优化完的xyz文件在ms中打开，其中的氧原子变成了硫原子，好奇怪，不明白是什么原因，初学者，忘大家能帮我分析分析！谢谢！
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1楼 2012-03-05 19:30:20
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springxa

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖交流！ 2012-04-19 10:49:23
有可能是你输入文件里的原子序数不对，比如你从一个计算S的输入文件修改后只改了化学符号，却没改程序识别的原子序数。
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2楼2012-04-19 10:34:57
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maomao-666

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by springxa at 2012-04-19 10:34:57
有可能是你输入文件里的原子序数不对，比如你从一个计算S的输入文件修改后只改了化学符号，却没改程序识别的原子序数。

谢谢，已经解决
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3楼2012-05-25 11:52:57
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by maomao-666 at 2012-05-25 11:52:57
谢谢，已经解决...

问题解决了，可以和大家分享一下解决的办法或是一个什么样的操作导致的这个问题。可能后来的虫子会感兴趣的。
赞一下 回复此楼
弘德明志博学笃行
4楼2012-06-06 23:25:39
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