应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 在Lammps中安装xmovie工具时，Makefile文件怎么修改X库路径
41/1返回列表
查看: 1521  |  回复: 3
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xjw040

金虫 (正式写手)

[求助] 在Lammps中安装xmovie工具时，Makefile文件怎么修改X库路径

在Lammps中安装xmovie工具时，Makefile文件怎么修改X库路径，谢谢
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xjw040

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2012-03-05 14:21:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaonie

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-03-07 07:56:37
xjw040(金币+5): ★有帮助 谢谢您的热情帮助！ 2012-03-08 13:42:12
我大概记得我当初是把Makefile离得什么东西给改了，然后就可以make了，
这是我的Makefile， 貌似是出事文件某一个地方没有写全，所以没办法运行。

CC         = gcc
LN         = gcc
OPTIM        = -O2 -finline-functions -g
XLIBDIR        = -L/usr/X11R6/lib
XINCLUDE =
DEFINES        = -DMISSINGDEFS -D_POSIX_SOURCE -DUSEPRIVATE -DINCL_FLOAT
WARNS        = -Wimplicit -Wunused -Wmissing-prototypes
CCOPTS         = -c $(OPTIM) $(DEFINES) $(WARNS) $(XINCLUDE)
LNOPTS        = $(OPTIM)

#LIBS        = $(XLIBDIR) -lX11 -lXaw -lm

# try this version on a Mac
LIBS        = $(XLIBDIR) -lX11 -lXaw -lXt -lXext -lXmu -lXpm

OBJS        = xmovie.o \
        control.o \
        scene.o \
        read.o \
        hpsort.o

EXES = xmovie dummy tobinary toascii

.c.o:
        $(CC) $(CCOPTS) $*.c

xmovie: $(OBJS)
        $(CC) $(CCOPTS) version.c
        $(LN) -o xmovie $(LNOPTS) version.o $(OBJS) $(LIBS)

xmovie.o:   xmovie.h resource.h xmovie.c
control.o:  xmovie.h control.c
scene.o:    xmovie.h scene.c
read.o:     xmovie.h read.c
hpsort.o:   hpsort.c

clean:
        rm -f *.o *~ $(EXES)

tar:
        tar cvf xmovie.tar Makefile *.c *.h
        compress xmovie.tar
        uuencode xmovie.tar.Z xmovie.tar.Z > xmovie.tar.Z.uu

clean_obj:
        rm -f *.o

all: $(EXES)

dummy: dummy.o
        $(LN) $(LNOPTS) -o dummy dummy.o -lm

dummy.o: dummy.c

toascii: toascii.o
        $(LN) $(LNOPTS) -o toascii toascii.o

toascii.o: toascii.c

tobinary: tobinary.o
        $(LN) $(LNOPTS) -o tobinary tobinary.o

tobinary.o: tobinary.c
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-03-07 01:32:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xjw040

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
不好意思，又要麻烦你了。
xuejunwei@xuejunwei-VirtualBox:~/software/lammps-11Jan12/tools/xmovie$ make
gcc -c -O2 -finline-functions -g -DMISSINGDEFS -D_POSIX_SOURCE -DUSEPRIVATE -DINCL_FLOAT -Wimplicit -Wunused -Wmissing-prototypes  version.c
gcc -o xmovie -O2 -finline-functions -g  version.o xmovie.o control.o scene.o read.o hpsort.o -L/usr/X11R6/lib -lX11 -lXaw -lXt -lXext -lXmu -lXpm
read.o: In function `get_positions':
/home/xuejunwei/software/lammps-11Jan12/tools/xmovie/read.c:533: undefined reference to `fmod'
/home/xuejunwei/software/lammps-11Jan12/tools/xmovie/read.c:526: undefined reference to `fmod'
/home/xuejunwei/software/lammps-11Jan12/tools/xmovie/read.c:535: undefined reference to `fmod'
/home/xuejunwei/software/lammps-11Jan12/tools/xmovie/read.c:528: undefined reference to `fmod'
/home/xuejunwei/software/lammps-11Jan12/tools/xmovie/read.c:524: undefined reference to `fmod'
read.o:/home/xuejunwei/software/lammps-11Jan12/tools/xmovie/read.c:530: more undefined references to `fmod' follow
collect2: ld 返回 1
make: *** [xmovie] 错误 1
改了Makefile之后出现这样的问题。
赞一下 回复此楼
3楼2012-03-08 13:43:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaonie

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-03-09 07:48:34
xjw040(金币+15): ★★★很有帮助 太感谢了！！！ 2012-03-09 11:39:35
/* **************************************************************** */
/* functions to read data from files */

#include
#include
#include
#include
#include

/* commented this out for SGI gcc compiler
#ifdef INCL_FLOAT
double        strtod(char *s, char **t);
long        strtol(char *s, char **t, int base);
#endif
*/

#include

extern FILE    *popen(const char *, const char *);
extern int     pclose(FILE *);

#include "xmovie.h"

#define LINELEN                256
#define WHITESPACE        " \f\n\r\t\v"
#define SEPARATORS        ",;:" WHITESPACE
#define NPRINT                500
#define NREAD                50
#define NBREAD                2000

#define ERROR                        -1
#define END_OF_FILE                1
#define BEING_NICE                2
#define READ_OK                        3
#define LOOK_FOR_ITEM                10
#define LOOK_FOR_BOUNDS                11
#define LOOK_FOR_POSITIONS        12
#define LOOK_FOR_TIME                13
#define LOOK_FOR_BONDS                14

#define BAD_STATE                -2

#define ALL_DONE                TRUE
#define MORE_TO_READ                FALSE

/* **************************************************************** */
/* local typedefs */

typedef struct {
        char        *string;
        int        state;
        }        PARSETABLE;

#define        NPARSE(x)        (sizeof(x)/sizeof(PARSETABLE))

typedef struct {
        int        nfiles;
        char        **fnames;
        FILE        *file;
        int        in_read;
        int        is_compressed;
        int        is_binary;
        }        READDATA;

typedef int        (*PFI)();

typedef struct {
        RECORD        record_id;
        PFI        reader;
        }        READER;

/* **************************************************************** */
/* local prototypes */

PRIVATE int        DoSomeReading(void);
PRIVATE int        ReadSomeBinary(void);
PRIVATE int        parser(char *token, PARSETABLE *table, int cnt);
PRIVATE int        get_bounds(FILE *file, char *line);
PRIVATE int        get_positions(FILE *file, char *line);
PRIVATE int        get_time(FILE *file, char *line);
PRIVATE int        get_bonds(FILE *file, char *line);
PRIVATE int        copy_bonds(void);
PRIVATE void        add_point(int index, int type, float x, float y, float z);
PRIVATE void        add_bond(int type, int index1, int index2);
PRIVATE void        NewData(void);
PRIVATE        void        ShowStatus(void);
PRIVATE char        *RemoveNL(char *s);
PRIVATE int        getline(FILE *file, char *line);
PRIVATE int        get_float(char **s, float *f);
PRIVATE int        get_int(char **s, int *i);
PRIVATE void        ungetline(void);
PRIVATE int        LineIsBlank(char *s);
PRIVATE void        SortData(DATA *dptr);
PRIVATE int        compare_atypes(POSITION *a, POSITION *b);
PRIVATE int        compare_btypes(BOND *a, BOND *b);
PRIVATE int        IsCompressed(char *s);
PRIVATE int        IsBinary(char *s);
PRIVATE int        TestBinary(FILE *f, int rewind);
PRIVATE FILE        *GetCompressed(char *s);
PRIVATE FILE        *OpenFile(char *s, int compressed, int binary);
PRIVATE READER        *GetReader(RECORD record_id);
PRIVATE int        ReadTime(FILE *f, LENGTH length);
PRIVATE int        ReadBound(FILE *f, LENGTH length);
PRIVATE int        ReadPosition(FILE *f, LENGTH length);
PRIVATE int        ReadBond(FILE *f, LENGTH length);
PRIVATE int        CopyBond(FILE *f, LENGTH length);
PRIVATE int        ReadRecordHeader(FILE *f, RECORD *record, LENGTH *length);

/* **************************************************************** */
/* local data */

/* include last 3 out-of-date item names in PARSETABLE for compatability */

static PARSETABLE        parse_table[] = {
        { "TIMESTEP",        LOOK_FOR_TIME },
        { "BOX BOUNDS",        LOOK_FOR_BOUNDS },
        { "ATOMS",        LOOK_FOR_POSITIONS },
        { "BONDS",        LOOK_FOR_BONDS },
        { "TIME",        LOOK_FOR_TIME },
        { "BOUNDS",        LOOK_FOR_BOUNDS },
        { "POSITIONS",        LOOK_FOR_POSITIONS },
        };

static DATA        *current_data = (DATA *) NULL;
static int        seen_time = 0;
static int        npositions = 0;
static int        nlines = 0;
static int        nbonds = 0;
static int        read_this_time = 0;

static READDATA        ReadData = {
        0,        /* nfiles */
        NULL,        /* filenames */
        NULL,        /* file pointer */
        0,        /* not in read */
        0,        /* not compressed */
        0,        /* not binary */
        };

static READER        read_table[] = {
        { TimeID,        ReadTime },
        { BoundID,        ReadBound },
        { PositionID,        ReadPosition },
        { BondID,        ReadBond },
        { CopyBondID,        CopyBond },
        };

/* **************************************************************** */

void InitRead(int nfiles, char **fnames)
{
        static char        *Stdin = "stdin";

        if (nfiles > 0) {
                ReadData.nfiles = nfiles;
                ReadData.fnames = fnames;
                return;
        }

        if (isatty(fileno(stdin))) {
                Usage();
                exit(0);
        }

        ReadData.nfiles        = 1;
        ReadData.fnames        = &Stdin;
        ReadData.file        = stdin;
        ReadData.in_read = 1;
        ReadData.is_binary = TestBinary(stdin, TRUE);

        if (ReadData.is_binary)
                fseek(stdin, 2*sizeof(INT4), SEEK_CUR);        /* skip header */
}

Boolean ReadProc(XtPointer client_data)
{
        char        err_msg[512];
        char        *file_type;

        if (ReadData.in_read) goto do_read;

        next_file:

                if (ReadData.nfiles <= 0) {
                        ShowStatus();
                        SortData(current_data);
                        return(ALL_DONE);
                }

                ReadData.is_compressed = FALSE;
                ReadData.is_binary     = FALSE;

                ReadData.is_compressed = IsCompressed(*ReadData.fnames);

                if (ReadData.is_compressed) {
                        file_type = "compressed";
                        goto open_file;
                }

                ReadData.is_binary = IsBinary(*ReadData.fnames);
                if (ReadData.is_binary) {
                        file_type = "binary";
                        goto open_file;
                }
                       

                file_type = "ascii";
                goto open_file;

        open_file:

                ReadData.file = OpenFile(*ReadData.fnames,
                        ReadData.is_compressed, ReadData.is_binary);
                if (ReadData.file == (FILE *) NULL) {
                        sprintf(err_msg,
                                "Frames: %i  Positions: %i  Bonds: %i\n"
                                "Error: unable to open %s file \"%s\".\n"
                                "Read aborted.",
                                Common.ndata, npositions, nbonds,
                                file_type, *ReadData.fnames);
                                SetReadString(err_msg);
                                SortData(current_data);
                                return(ALL_DONE);
                }

                ReadData.in_read = 1;
                nlines = 0;
                ShowStatus();

        do_read:

                switch(DoSomeReading()) {
                case END_OF_FILE:
                        if (ReadData.is_compressed)
                                pclose(ReadData.file);
                        else
                                if (strcmp("stdin",*ReadData.fnames))
                                        fclose(ReadData.file);
                        ReadData.in_read = 0;
                        ReadData.nfiles--;
                        ReadData.fnames++;
                        goto next_file;
                case ERROR:
                        SortData(current_data);
                        return(ALL_DONE);
                case BEING_NICE:
                        break;
                default:
                        fprintf(stderr,"Don't know how I got here: ReadProc.\n";
                        exit(0);
                }

        return(MORE_TO_READ);
}

PRIVATE int IsCompressed(char *s)
{
        register char        *t;

        t = s + strlen(s) - 3;
        if (t < s) return(FALSE);
        return(!strcmp(t,".gz");
}

PRIVATE int IsBinary(char *s)
{
        FILE        *f;
        int        ok;

        if ((FILE *) NULL == (f = fopen(s, "r")) return(FALSE);

        ok = TestBinary(f, FALSE);
        fclose(f);

        return(ok);
}

PRIVATE int TestBinary(FILE *f, int rewind)
{
        union {
                INT4        magic;
                char        c[sizeof(INT4)];
        } u;
        int        i;

        if (1 != fread(&u.magic, sizeof(u.magic), 1, f)) return(FALSE);

        if (rewind)
                for(i = sizeof(u); i; i--)
                        ungetc(u.c[i-1], f);
               
        return(u.magic == MagicNumber);
}

PRIVATE FILE *GetCompressed(char *name)
{
        char        cmd[256];

        sprintf(cmd, "gunzip -c %s", name);
        return(popen(cmd,"r");
}

PRIVATE FILE *OpenFile(char *name, int compressed, int binary)
{
        FILE        *f;

        if (compressed) return(GetCompressed(name));

        f = fopen(name, "r";
        if (f == (FILE *) NULL) return(f);

        if (binary) fseek(f, 2*sizeof(INT4), SEEK_CUR);

        return(f);
}

PRIVATE int DoSomeReading(void)
{
        static int        state = LOOK_FOR_ITEM;
        static char        line[LINELEN];
        static char        token[LINELEN];
        static char        *t;
        int                ntries;
        int                newstate;
        char                err_msg[512];

        if (ReadData.is_binary) return(ReadSomeBinary());

        read_this_time = 0;
       
        begin:

        switch(state) {
        case LOOK_FOR_ITEM:
                ntries = 0;
                while(1) {
                        ntries++;
                        if (ntries > 100) return(BEING_NICE);

                        if (!getline(ReadData.file, line))
                                return(END_OF_FILE);
                        t = strtok(line, WHITESPACE);
                        if (!t) continue;
                        if (strcmp(t, "ITEM:") continue;

                        t = strtok(NULL, WHITESPACE);
                        if (!t) continue;
                        sprintf(token,"%s",t);

                        t = strtok(NULL, WHITESPACE);
                        while (t != NULL) {
                          sprintf(token,"%s %s",token,t);
                          t = strtok(NULL, WHITESPACE);
                        }

                        newstate = parser(token,
                                          parse_table,NPARSE(parse_table));

                        if (newstate == BAD_STATE) continue;
                        state = newstate;
                        goto begin;
                }
        case LOOK_FOR_TIME:
                if (!get_time(ReadData.file, line)) goto print_error;
                state = LOOK_FOR_ITEM;
                goto begin;
        case LOOK_FOR_BOUNDS:
                if (!get_bounds(ReadData.file, line)) goto print_error;
                state = LOOK_FOR_ITEM;
                goto begin;
        case LOOK_FOR_POSITIONS:
        case LOOK_FOR_BONDS:
                switch((state == LOOK_FOR_POSITIONS) ?
                        get_positions(ReadData.file, line) :
                        get_bonds(ReadData.file, line)) {
                case END_OF_FILE:
                        state = LOOK_FOR_ITEM;
                        return(END_OF_FILE);
                case BEING_NICE:
                        return(BEING_NICE);
                case LOOK_FOR_ITEM:
                        state = LOOK_FOR_ITEM;
                        return(BEING_NICE);
                case ERROR:
                default:
                        goto print_error;
                }

        case BAD_STATE:
        default:
                fprintf(stderr,"Error: read state corrupted: %i\n", state);
                exit(0);
        }

        print_error:

        sprintf(err_msg,"Frames: %i  Positions: %i  Bonds: %i\n"
                        "Error occurred at line %i\n"
                        "Processing ITEM: %s\n"
                        "Line = \"%s\"\n"
                        "Read aborted.",
                        Common.ndata, npositions, nbonds, nlines, token,
                        RemoveNL(line));

        SetReadString(err_msg);

        return(ERROR);

        /* exit(0); */

}

/* **************************************************************** */

PRIVATE int parser(char *token, PARSETABLE *table, int cnt)
{
        PARSETABLE        *t;
        int                i;

        for(i = cnt, t = table; i; i--, t++)
          if (strstr(token,t->string) == token)
            return t->state;
        return(BAD_STATE);
}

/* **************************************************************** */

PRIVATE int get_bounds(FILE *file, char *line)
{
        int                i, n, changed;
        char                *t;
        BOUND                *b, *cb;

        if (!current_data) NewData();

        n = (Common.two_d) ? 2 : 3;

        for(i = 0; i < n; i++){
                if (!getline(file, line)) return(0);

                t = line;

                if (!get_float(&t, &(current_data->bounds.low)))
                        return(0);

                if (!get_float(&t, &(current_data->bounds.high)))
                        return(0);
        }

        if (Common.two_d) {
                current_data->bounds[2].low = -0.01;
                current_data->bounds[2].high = 0.01;
        }

        changed = 0;
        for(b=current_data->bounds,cb=Common.bounds,i=3; i;i--,b++,cb++){
                if (b->low < cb->low) {
                        cb->low = b->low;
                        changed = 1;
                }
                if (b->high > cb->high) {
                        cb->high = b->high;
                        changed = 1;
                }
        }

        if (changed) NewDataSetup();

        return(1);
}

PRIVATE int get_positions(FILE *file, char *line)
{
        char                *t;
        float                x, y, z;
        float           xlow,xhigh,ylow,yhigh,zlow,zhigh,dx,dy,dz;
        int                index, type;

        if (!current_data) NewData();

        if (Common.copy_bond) copy_bonds();

        if (Common.remap || Common.scaleflag) {
          xlow = current_data->bounds[0].low;
          xhigh = current_data->bounds[0].high;
          dx = xhigh - xlow;
          ylow = current_data->bounds[1].low;
          yhigh = current_data->bounds[1].high;
          dy = yhigh - ylow;
          if (!Common.two_d) {
            zlow = current_data->bounds[2].low;
            zhigh = current_data->bounds[2].high;
            dz = zhigh - zlow;
          }
        }

        z = 0.0;

        while(1) {

                if (read_this_time++ > NREAD) return(BEING_NICE);

                if (!getline(file, line)) return(END_OF_FILE);

                t = line;

                if (!get_int(&t, &index)){
                        ungetline();
                        return(LOOK_FOR_ITEM);
                }

                if (!get_int(&t, &type))  return(ERROR);

                if (!get_float(&t, &x)) return(ERROR);
                if (!get_float(&t, &y)) return(ERROR);

                if (!Common.two_d)
                        if (!get_float(&t, &z)) return(ERROR);

                if (type < 1 || type > Common.natomcolors) type = 1;

                if (Common.remap) {
                  if (x-xlow >= 0.0)
                    x = fmod(x-xlow,dx) + xlow;
                  else
                    x = xhigh + fmod(x-xlow,dx);
                  if (y-ylow >= 0.0)
                    y = fmod(y-ylow,dy) + ylow;
                  else
                    y = yhigh + fmod(y-ylow,dy);
                  if (!Common.two_d) {
                    if (z-zlow >= 0.0)
                      z = fmod(z-zlow,dz) + zlow;
                    else
                      z = zhigh + fmod(z-zlow,dz);
                  }
                }

                if (Common.scaleflag) {
                  x = xlow + x*dx;
                  y = ylow + y*dy;
                  if (!Common.two_d) z = zlow + z*dz;
                }

                add_point(index, type, x, y, z);

                npositions++;

                if ((nbonds + npositions) % NPRINT == 0) ShowStatus();

        }

        return(1);
}

PRIVATE int get_bonds(FILE *file, char *line)
{
        char                *t;
        int                type, index1, index2;

        if (!current_data) NewData();

        while(1) {

                if (read_this_time++ > NREAD) return(BEING_NICE);

                if (!getline(file, line)) return(END_OF_FILE);

                t = line;

                if (!get_int(&t, &type)){
                        ungetline();
                        return(LOOK_FOR_ITEM);
                }

                if (!get_int(&t, &index1)) return(ERROR);
                if (!get_int(&t, &index2)) return(ERROR);

                if (type < 1 || type > Common.nbondcolors) type = 1;

                add_bond(type, index1, index2);

                nbonds++;

                if ((nbonds + npositions) % NPRINT == 0) ShowStatus();
        }

        return(1);
}

PRIVATE int get_time(FILE *file, char *line)
{
        char        *t;

        if (!current_data || seen_time) NewData();
        seen_time = 1;

        if (!getline(file, line)) return(0);

        t = line;

        if (!get_float(&t, &(current_data->time))) return(0);

        return(1);
}
       
PRIVATE int copy_bonds()
{
        DATA        *last_data;
        int        i;
        BOND        *b1, *b2;

        if (Common.ndata < 2) return(0);

        last_data = current_data-1;

        current_data->nbonds = last_data->nbonds;
        current_data->maxbonds = last_data->maxbonds;

        current_data->bonds =
                (BOND *) XtMalloc(current_data->maxbonds * sizeof(BOND));

        b1 = current_data->bonds;
        b2 = last_data->bonds;
        for(i = current_data->nbonds; i ; i--, b1++, b2++)
                *b1 = *b2;

        return(1);
}

/* **************************************************************** */


PRIVATE char *RemoveNL(char *s)
{
        register char        *t;

        if (!s) return(s);

        if ((t = s + strlen(s) - 1) < s) return(s);
        if (*t == '\n') *t = '\0';

        return(s);
}
       
static int got_line = 0;

PRIVATE int getline(FILE *file, char *line)
{
        int        result;

        if (got_line) {
                got_line = 0;
                return(1);
        }

        do {
                nlines++;
                result = (fgets(line, LINELEN, file) != NULL);
        } while( result && LineIsBlank(line) );

        return(result);
}

PRIVATE void ungetline(void)
{
        got_line = 1;
}

PRIVATE int LineIsBlank(char *s)
{
        register char        *t;

        t = s + strspn(s, WHITESPACE);
        return( *t == '\0' );
}

PRIVATE int get_int(char **s, int *i)
{
        register char        *t;

        t = *s + strspn(*s, SEPARATORS);
        *i = strtol(t, s, 10);

        return(t != *s);
}

PRIVATE int get_float(char **s, float *f)
{
        register char        *t;

        t = *s + strspn(*s, SEPARATORS);
        *f = strtod(t, s);

        return(t != *s);
}

/* **************************************************************** */

PRIVATE void NewData(void)
{
        int        i;
        DATA        *last_data,*olddataptr;

        olddataptr = Common.dataptr;
        last_data = current_data;

        if (Common.ndata >= Common.maxdata) {        /* need to realloc */
                Common.maxdata += 256;
                Common.dataptr = (DATA *)
                  XtMalloc(Common.maxdata * sizeof(DATA));
                memcpy(Common.dataptr,olddataptr,Common.ndata*sizeof(DATA));
        }

        current_data = Common.dataptr + Common.ndata;
        Common.ndata++;

        current_data->natypes =
                (INT4 *) XtMalloc(Common.natomcolors * sizeof(INT4));

        for(i = 0; i < Common.natomcolors; i++)
                current_data->natypes = 0;

        current_data->nbtypes =
                (INT4 *) XtMalloc(Common.nbondcolors * sizeof(INT4));

        for(i = 0; i < Common.nbondcolors; i++)
                current_data->nbtypes = 0;

        if (Common.ndata > 1) {
                current_data->time = last_data->time;

                for(i = 0; i < 3; i++)
                        current_data->bounds = last_data->bounds;

                current_data->maxatoms = last_data->natoms;
                current_data->positions = (POSITION *)
                        XtMalloc(last_data->natoms * sizeof(POSITION));

                current_data->natoms = 0;

                current_data->maxbonds = last_data->nbonds;
                current_data->bonds = (BOND *)
                        XtMalloc(last_data->nbonds * sizeof(BOND));

                current_data->nbonds = 0;

                SortData(last_data);
        }
        else {
                current_data->time = 0.0;

                for(i = 0; i < 3; i++) {
                        current_data->bounds.low = -1.0;
                        current_data->bounds.high = 1.0;
                }

                current_data->natoms = 0;
                current_data->positions = NULL;
                current_data->maxatoms = 0;

                current_data->nbonds = 0;
                current_data->bonds = NULL;
                current_data->maxbonds = 0;
        }

        if (olddataptr != Common.dataptr) XtFree((char *) olddataptr);
}

PRIVATE void add_point(int index, int type, float x, float y, float z)
{
        POSITION        *p;

        if (current_data->natoms >= current_data->maxatoms) {
                current_data->maxatoms += 16;
                current_data->positions = (POSITION *)
                        XtRealloc((char *) current_data->positions,
                                  current_data->maxatoms * sizeof(POSITION));
        }

        p = &(current_data->positions[current_data->natoms]);

        p->index = index;
        p->type  = type;
        p->x     = x;
        p->y     = y;
        p->z     = z;

        current_data->natoms++;
}


PRIVATE void add_bond(int type, int index1, int index2)
{
        BOND        *b;

        if (current_data->nbonds >= current_data->maxbonds) {
                current_data->maxbonds += 16;
                current_data->bonds = (BOND *)
                        XtRealloc((char *) current_data->bonds,
                                current_data->maxbonds * sizeof(BOND));
        }

        b = &(current_data->bonds[current_data->nbonds]);

        b->type   = type;
        b->index1 = index1;
        b->index2 = index2;
        b->atom1  = NULL;
        b->atom2  = NULL;

        current_data->nbonds++;
}

PRIVATE void ShowStatus(void)
{
        static char        buffer[256];

        if (ReadData.in_read)
                sprintf(buffer,        "Reading file: %s\n"
                                "Frames: %i  Positions: %i  Bonds: %i",
                                *ReadData.fnames, Common.ndata, npositions,
                                nbonds);
        else
                sprintf(buffer,        "Reading done.\n"
                                "Frames: %i  Positions: %i  Bonds %i",
                                Common.ndata, npositions, nbonds);

        SetReadString(buffer);
}

/* **************************************************************** */

PRIVATE void SortData(DATA *dptr)
{
        POSITION        *p, **p_by_index, **pp;
        register int        i, j;
        int                maxindex, minindex, nindex, n;
        register BOND        *b, *b2;
        float                bond_length, shortest, dx, dy, dz;

        /* add hpsort in place of standard C qsort, which is very slow
           when atoms or bonds are already in order (N^2 instead of NlnN)
           calling syntax does not change except for first argument
           becomes arg-1, qsort -> hpsort in 2 places
        */
        void hpsort(POSITION *, int, int, int (*)(POSITION *, POSITION *));

        if (!dptr) return;

        /* sort by type */

        hpsort((dptr->positions)-1, dptr->natoms, sizeof(POSITION),
                compare_atypes);

        /* find out how many of each type */

        for(i = dptr->natoms, p = dptr->positions; i ;i--, p++)
                dptr->natypes[p->type-1]++;

        if (dptr->nbonds < 1) return;

        /* find max, min indicies */

        minindex = 1000000000;
        maxindex = -minindex;

        for(i = dptr->natoms, p = dptr->positions; i; i--, p++) {
                if (p->index > maxindex) maxindex = p->index;
                if (p->index < minindex) minindex = p->index;
        }

        nindex = maxindex - minindex + 1;

        if (nindex < 0) {
                dptr->nbonds = 0;
                return;
        }
                  

        if (nindex < 1000000) {

                p_by_index = (POSITION **) XtMalloc(nindex*sizeof(POSITION *));

                for(pp = p_by_index, i = nindex; i; i--, pp++)
                        *pp = (POSITION *) NULL;

                for(p = dptr->positions, i = dptr->natoms; i; i--, p++){
                        pp = p_by_index + p->index - minindex;
                        if (*pp != (POSITION *) NULL) {
                                fprintf(stderr,
                                        "Error: atom %i has more than one position at time %g.\n",
                                        p->index, dptr->time);
                                exit(EXIT_FAILURE);
                        }
                        *pp = p;
                }

                for(b = dptr->bonds, i = dptr->nbonds; i ; i--, b++) {
                        b->atom1 = p_by_index[b->index1 - minindex];
                        b->atom2 = p_by_index[b->index2 - minindex];
                        if (b->atom1 == (POSITION *) NULL) {
                                fprintf(stderr,
                                        "Error: atom %d has no position at time %g.\n",
                                        b->index1, dptr->time);
                                exit(EXIT_FAILURE);
                        }
                        if (b->atom2 == (POSITION *) NULL) {
                                fprintf(stderr,
                                        "Error: atom %d has no position at time %g.\n",
                                        b->index2, dptr->time);
                                exit(EXIT_FAILURE);
                        }
                }

                XtFree((char *) p_by_index);
        }
        else {
                for(b = dptr->bonds, i = dptr->nbonds; i; i--, b++) {
                        for(p = dptr->positions, j = dptr->natoms; j; j--, p++)
                                if (b->index1 == p->index) {
                                        b->atom1 = p;
                                        break;
                                }
                        if (j < 1) {
                                fprintf(stderr,
                                        "Error: atom %i has no position at time %g.\n",
                                        b->index1, dptr->time);
                                exit(EXIT_FAILURE);
                        }
                        for(p = dptr->positions, j = dptr->natoms; j; j--, p++)
                                if (b->index2 == p->index) {
                                        b->atom2 = p;
                                        break;
                                }
                        if (j < 1) {
                                fprintf(stderr,
                                        "Error: atom %i has no position at time %g.\n",
                                        b->index2, dptr->time);
                                exit(EXIT_FAILURE);
                        }
                }
        }

        /* throw out bonds longer than half the shortest cell size */
        /* only do if periodic-bond switch is set */

        if (Common.pbc_bond) {

          n = (Common.two_d) ? 2 : 3;

          shortest = 1e30;
          for(i = 0; i < n; i++){
            bond_length = dptr->bounds.high - dptr->bounds.low;
            if (bond_length < shortest) shortest = bond_length;
          }
          
          shortest *= 0.5;
          shortest *= shortest;
          
          b = dptr->bonds;
          b2 = b;
          for(i = dptr->nbonds; i; i--, b++) {
            dx = b->atom1->x - b->atom2->x;
            dy = b->atom1->y - b->atom2->y;
            dz = b->atom1->z - b->atom2->z;
            bond_length = dx*dx + dy*dy + dz*dz;
            if (bond_length < shortest) {
              if (b2 != b) *b2 = *b;
              b2++;
            }
          }
          
          dptr->nbonds -= b - b2;

        }

        /* sort by type */

        hpsort((dptr->bonds)-1, dptr->nbonds, sizeof(BOND),
                compare_btypes);

        /* find out how many of each type */

        for(b = dptr->bonds, i = dptr->nbonds; i; i--, b++)
                dptr->nbtypes[b->type-1]++;
}

PRIVATE int compare_atypes(POSITION *a, POSITION *b)
{
        if (a->type  > b->type) return(1);
        if (a->type == b->type) return(0);
        if (a->type  < b->type) return(-1);
}

PRIVATE int compare_btypes(BOND *a, BOND *b)
{
        if (a->type  > b->type) return(1);
        if (a->type == b->type) return(0);
        if (a->type  < b->type) return(-1);
}

/* routine to print out all data for debugging */

#if 0
       
print_them(void)
{
        int        i;

        for(i = 0; i < Common.ndata; i++)
                print_data(Common.dataptr);
}

print_data(DATA *data)
{
        int                i;
        POSITION        *p;

        fprintf(stderr,"Time: %f\n", data->time);
       
        for(i = 0; i < 3; i++)
                fprintf(stderr,"Bounds %i: %f %f\n", i, data->bounds.low,
                                data->bounds.high);

        for(i = 0; i < data->natoms; i++) {
                p = &(data->positions);
                fprintf(stderr,"Atom: %i %i %f %f %f\n",
                        p->index, p->type, p->x, p->y, p->z);
        }
}

#endif

/* **************************************************************** */

PRIVATE int ReadSomeBinary(void)
{
        RECORD        record_id;
        LENGTH        length;
        READER        *r;
        char        err_msg[256];
        int        state;
        int        old_positions, old_bonds;

        old_positions = npositions;
        old_bonds = nbonds;

        while(1) {
                if (!ReadRecordHeader(ReadData.file, &record_id, &length))
                        return(END_OF_FILE);

                r = GetReader(record_id);
                if (r == (READER *) NULL) {        /* dont recognize */
                        fseek(ReadData.file, length, SEEK_CUR);
                        continue;
                }

                switch(state = (*r->reader)(ReadData.file, length)) {
                        case BEING_NICE:
                                if (old_positions + old_bonds + NBREAD >
                                        nbonds + npositions)
                                        continue;
                                return(state);
                        case END_OF_FILE:
                                return(state);
                        case READ_OK:
                                continue;
                        case ERROR:
                        default:       
                                sprintf(err_msg,"Frames: %i  Positions: %i  Bonds: %i\n"
                                        "Error occurred during binary read.\n"
                                        "Read aborted.",
                                        Common.ndata, npositions, nbonds);
                                SetReadString(err_msg);
                                return(ERROR);
                }
        }
}

PRIVATE READER *GetReader(RECORD record_id)
{
        register int        i;
        register READER        *r;

        i = sizeof(read_table)/sizeof(read_table[0]);
        for(r = read_table; i; i--, r++)
                if (r->record_id == record_id) return(r);

        return((READER *) NULL);
}

PRIVATE int ReadRecordHeader(FILE *f, RECORD *record, LENGTH *length)
{
        if (1 != fread(record, sizeof(*record), 1, f)) return(FALSE);
        if (1 != fread(length, sizeof(*length), 1, f)) return(FALSE);

        return(TRUE);
}

/*ARGSUSED*/
PRIVATE int ReadBound(FILE *file, LENGTH length)
{
        int                i, changed;
        BOUND                *b, *cb;

        if (!current_data) NewData();

       

        for(b = current_data->bounds, i = 3; i; i--, b++){
                if (1 != fread(&(b->low), sizeof(b->low), 1, file))
                        return(ERROR);
                if (1 != fread(&(b->high), sizeof(b->high), 1, file))
                        return(ERROR);
        }

        changed = 0;
        for(b=current_data->bounds,cb=Common.bounds,i=3; i;i--,b++,cb++){
                if (b->low < cb->low) {
                        cb->low = b->low;
                        changed = 1;
                }
                if (b->high > cb->high) {
                        cb->high = b->high;
                        changed = 1;
                }
        }

        if (changed) NewDataSetup();

        return(READ_OK);
}

PRIVATE int ReadPosition(FILE *file, LENGTH length)
{
        POSITION        *p;
        int                n;
        int                i;

        if (!current_data) NewData();

        n = length / (sizeof(p->index) + sizeof(p->type) + 3*sizeof(p->x));

        if (current_data->maxatoms < n) {
                free(current_data->positions);
                current_data->maxatoms = n;
                current_data->positions =
                        (POSITION *) XtMalloc(n * sizeof(POSITION));
        }

        current_data->natoms = 0;
        p = current_data->positions;
        i = 0;

        for(; i < n; i++, p++) {
                if (1 != fread(&(p->index), sizeof(p->index), 1, file))
                        return(ERROR);
                if (1 != fread(&(p->type),  sizeof(p->type),  1, file))
                        return(ERROR);
                if (1 != fread(&(p->x),     sizeof(p->x),     1, file))
                        return(ERROR);
                if (1 != fread(&(p->y),     sizeof(p->y),     1, file))
                        return(ERROR);
                if (1 != fread(&(p->z),     sizeof(p->z),     1, file))
                        return(ERROR);

                if (p->type < 1 || p->type > Common.natomcolors)
                        p->type = 1;

                npositions++;
                current_data->natoms++;

                if ((npositions + nbonds)% NPRINT == 0) ShowStatus();
        }

        return(BEING_NICE);
}

PRIVATE int ReadBond(FILE *file, LENGTH length)
{
        BOND                *b;
        int                n;
        int                i;

        if (!current_data) NewData();

        n = length / (sizeof(b->type) + sizeof(b->index1) + sizeof(b->index2));

        if (current_data->maxbonds < n) {
                free(current_data->bonds);
                current_data->maxbonds = n;
                current_data->bonds =
                        (BOND *) XtMalloc(n * sizeof(BOND));
        }

        current_data->nbonds = 0;
        b = current_data->bonds;
        i = 0;

        for(; i < n; i++, b++) {
                if (1 != fread(&(b->type),   sizeof(b->type),    1, file))
                        return(ERROR);
                if (1 != fread(&(b->index1), sizeof(b->index1),  1, file))
                        return(ERROR);
                if (1 != fread(&(b->index2), sizeof(b->index2),  1, file))
                        return(ERROR);

                if (b->type < 1 || b->type > Common.nbondcolors)
                        b->type = 1;

                nbonds++;
                current_data->nbonds++;

                if ((npositions + nbonds)% NPRINT == 0) ShowStatus();
        }

        return(BEING_NICE);
}

/*ARGSUSED*/
PRIVATE int CopyBond(FILE *file, LENGTH length)
{
        return( (copy_bonds()) ? READ_OK : ERROR );
}



/*ARGSUSED*/
PRIVATE int ReadTime(FILE *file, LENGTH length)
{
        if (!current_data || seen_time) NewData();
        seen_time = 1;

        if (1 != fread(&(current_data->time), sizeof(current_data->time),
                        1, file))
                return(ERROR);
        return(READ_OK);
}

这是我的read.c文件，你看看和你的有什么区别吧，呵呵，我没有仔细研究过xmovie, 我都用vmd的， xmovie能办到的vmd都可以，而且使用更方便，更美观， 所以你如果还是弄不好xmovie， 那就别纠结了，换vmd吧
赞一下 回复此楼
4楼2012-03-09 03:00:23
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xjw040 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭