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至尊木虫 (知名作家)

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[交流] 回答网友关于单晶结构精修的问题已有10人参与

在shelxtl程序中，我用重原子法解运行一次xp后再运行一次xl 期间我没有对相关原子进行指认也没删除多余的q峰只是继续xp、xl，让结构尽可能长全如此xp、xl重复三次，发现再运行xl时，出现以下的情况：

出现了无法继续精修的情况，而且这时再运行xp时发现所有的q峰都没了
这是什么原因造成的？

答案：这是q峰名字重复造成的。原子命名不可以重复。

下面回答你的疑问，供你参考：

1.是不是每次xp时都要尽可能正确指认原子删除多余重复的q峰？如果不这样，而是等所有的原子都长出来，再指认和删q峰运行xl时会出现以上的问题？

对的。每一次xp或者xshell时,都要指认化学正确的原子，命名，并且删除多余重复的q峰。对于你认不准的q峰可以先不指认，保存好文件，再作进一步精修，这样就会长出新的q峰，有助于进一步原子指认，并且不会出现精修运行不下去的情况。
2.如果出现以上的情况有没有方法补救和恢复？难道只能重新使用原始数据，再重头开始解吗？

我一般做下一步，都保留好上一步的文件。如果出错，就可以到上一步的文件里进行修改。以前的（主要是res文件）文件保存好，就不需要重新使用原始数据，再重头开始解析。

3.是不是每次运行xp，无论保存与否，都要运行xl？

这主要看你的运行xp的目的，如果你做了修改和变动，就需要保存文件和运行xl，这样才会改进你的结构模型。

4.怎样才能避免和预防出现xl无法运行的情况？

减少马虎和尽量不犯错。有时候不合理的精修命令也会导致精修不稳定以致无法进行下去，这时候需要回到上一步的res or ins文件里，删除掉这个命令，保存文件再精修。

你在运行中碰到的问题，是可以避免的。你要明白，精修使用的文件是ins文件，精修后产生res文件，你每次需要打开xp或者xshell看图示结构，编辑和修改res文件，这些编辑包括原子命名，删除不合适的原子和多余的q峰，以及加入必要的精修命令等。编辑完毕后需要把res文件存成ins文件，进行下一步精修，这样又产生新的res文件。如此反复，不断改进，直到你认为自己的结构模型符合要求，一般符合要求的标志包括4项：残余峰小到（一般小于1）没有可以指认的原子（包括氢原子）; R1一般小于0.07; goof 趋近于1; 还有就是精修的最大偏差收敛趋近于0. 符合这4项，就可以加入氢键列表，（xcif）完善cif文件，（xcif）生成晶体结构参数表格，这时候结构精修才完成。

注意在下一轮精修之前，一定要删除多余的q峰，就不会发生你说的问题了。

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huahua1216

abcd007140

ylt

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老歪博

1楼2012-03-05 02:40:43

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jiaojiayou

铁虫 (正式写手)

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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

谢谢lz，但是我作为一个超级新手，组里也没人会的新手，我觉得：
（1）最重要的还是原子的指认这一步，我自己练习的时候，XP里一PROJ去掉Q峰时若是一堆杂乱的键和原子，我就真的麻爪了，什么六元环啊也找不到~~~~~~（经常把键长严重不符的键去掉后还是看不懂）
（2）结晶水至今也不知道该怎么加，当然了那个原子指认都成问题，啊啊，苦恼啊
经常遇到XP里一PROJ去掉Q峰时若是一堆杂乱的键和原子自己做电脑前1天左看右看左试右试，还是不行，我觉得自己卡在这儿了好久了~~~~~要是有个会的前辈指导一下应该会好很多，这个应该还是很需要经验的吧。目前我自己的结构只有一个是自己解析的，因为XP里一PROJ去掉Q峰时结构一目了然，OMG，好悲催~~