| 查看: 4216 | 回复: 22 | |||
| 本帖产生 1 个 CMEI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
p452_1至尊木虫 (知名作家)
|
[交流]
回答网友关于单晶结构精修的问题已有10人参与
|
||
|
在shelxtl程序中，我用重原子法解 运行一次xp后 再运行一次xl 期间 我没有对相关原子进行指认 也没删除多余的q峰 只是继续xp、xl，让结构尽可能长全如此xp、xl重复三次，发现再运行xl时，出现以下的情况： 出现了无法继续精修的情况，而且这时再运行xp时 发现所有的q峰都没了 这是什么原因造成的？ 答案：这是q峰名字重复造成的。原子命名不可以重复。 下面回答你的疑问，供你参考： 1.是不是每次xp时 都要尽可能正确指认原子 删除多余 重复的q峰？如果不这样，而是等所有的原子都长出来，再指认和删q峰 运行xl时 会出现以上的问题？ 对的。每一次xp或者xshell时,都要指认化学正确的原子，命名，并且删除多余 重复的q峰。对于你认不准的q峰可以先不指认，保存好文件，再作进一步精修，这样就会长出新的q峰，有助于进一步原子指认，并且不会出现精修运行不下去的情况。 2.如果出现以上的情况 有没有方法补救和恢复？难道只能重新使用原始数据，再重头开始解吗？ 我一般做下一步，都保留好上一步的文件。如果出错，就可以到上一步的文件里进行修改。以前的（主要是res文件）文件保存好，就不需要重新使用原始数据，再重头开始解析。 3.是不是每次运行xp，无论保存与否，都要运行xl？ 这主要看你的运行xp的目的，如果你做了修改和变动，就需要保存文件和运行xl，这样才会改进你的结构模型。 4.怎样才能避免和预防出现xl无法运行的情况？ 减少马虎和尽量不犯错。有时候不合理的精修命令也会导致精修不稳定以致无法进行下去，这时候需要回到上一步的res or ins文件里，删除掉这个命令，保存文件再精修。 你在运行中碰到的问题，是可以避免的。你要明白，精修使用的文件是ins文件，精修后产生res文件，你每次需要打开xp或者xshell看图示结构，编辑和修改res文件，这些编辑包括原子命名，删除不合适的原子和多余的q峰，以及加入必要的精修命令等。编辑完毕后需要把res文件存成ins文件，进行下一步精修，这样又产生新的res文件。如此反复，不断改进，直到你认为自己的结构模型符合要求，一般符合要求的标志包括4项：残余峰小到（一般小于1）没有可以指认的原子（包括氢原子）; R1一般小于0.07; goof 趋近于1; 还有就是精修的最大偏差收敛趋近于0. 符合这4项，就可以加入氢键列表，（xcif）完善cif文件，（xcif）生成晶体结构参数表格，这时候结构精修才完成。 注意在下一轮精修之前，一定要删除多余的q峰，就不会发生你说的问题了。 |
回复此楼» 本帖已获得的红花（最新10朵）
huahua1216» 猜你喜欢
中原工学院邵志超副教授课题组招收调剂生2名
已经有0人回复
-
我校 有两个085601 材料工程调剂名额
已经有0人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有135人回复
-
求博导推荐和带走
已经有1人回复
-
求助下载两个cif文件，ccdc：2193452，2307399
已经有0人回复
-
深圳信息职业技术学院2024年外籍教师招聘公告
已经有1人回复
-
20金币求助CIF文件
已经有0人回复
-
请教，Diamond能不能测任意两个化学键的夹角？
已经有1人回复
-
50金币帮忙下载间苯二甲酸分子的晶体cif文件和CCDC号
已经有1人回复
-
求大佬帮忙看下，加氢及精修方式的描述是否正确
已经有1人回复
-
荧光寿命中的τave是什么
已经有1人回复
p452_1
至尊木虫 (知名作家)
- CMEI: 7
- 应助: 456 (硕士)
- 金币: 27334.4
- 散金: 97
- 红花: 86
- 帖子: 5993
- 在线: 1895.1小时
- 虫号: 1575142
- 注册: 2012-01-12
- 性别: GG
- 专业: 无机合成和制备化学
11楼2012-03-24 16:16:38
huahua1216
至尊木虫 (文坛精英)
- CMEI: 1
- 应助: 173 (高中生)
- 贵宾: 1.712
- 金币: 34492.5
- 散金: 1124
- 红花: 22
- 沙发: 1
- 帖子: 14639
- 在线: 448.6小时
- 虫号: 260203
- 注册: 2006-06-17
- 性别: GG
- 专业: 放射分析
2楼2012-03-05 08:24:19
abcd007140
铁杆木虫 (著名写手)
小木虫首席软件技术总监
- 应助: 2 (幼儿园)
- 贵宾: 0.306
- 金币: 6977.1
- 散金: 416
- 红花: 25
- 沙发: 9
- 帖子: 2915
- 在线: 781.3小时
- 虫号: 346502
- 注册: 2007-04-15
- 性别: GG
- 专业: 有机合成
3楼2012-03-05 08:49:56
ylt
木虫 (著名写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 3536.4
- 散金: 2453
- 红花: 3
- 帖子: 1485
- 在线: 849.6小时
- 虫号: 614949
- 注册: 2008-09-28
- 性别: GG
- 专业: 涂料
5楼2012-03-05 11:52:12
5
