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budgerigar

木虫 (小有名气)

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[求助] 请教关于模拟退火的问题

今天上午在邮件列表里看到一个教授回复的内容，他提到可以用模拟退火的方法让体系能快速平衡，原文如下：
http://lists.gromacs.org/piperma ... January/013820.html有几个问题请教一下：
1. 教授指出，他是对膜进行退火，之后再添加水分子，那是否可以将体系准备完成后再退火，将体系分为各个温度组进行退火？
2. 如果可以，那模拟的顺序是什么呢，我做的是油-表面活性剂-水-表面活性剂-油的体系，是不是应该这样，em-annealing-nvt-npt....
4. 退火产生速度吗，需要不需要在后面的模拟里面用gen_vel=yes产生速度？
5. 退火对系综的要求是什么，npt可以吗，是不是只需要将退火那部分参数加到mdp文件中即可，其中把ref_t扔掉
6. annealing_time，annealing_temp的设置有什么注意的吗？希望大家能贴一个正确的mdp出来让小弟参考一下。

这么多问题，麻烦大家了，刚接触退火，不知道里面说的有问题没，请大家指正。

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