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三个原子之间的势能面扫描怎么做？
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要做势能面扫描 同时扫描两个自由度，分别为A原子到B原子的距离，以及B原子到C原子的距离 用的是Z-matrix，柔性扫描我会做，但是刚性我就不会了。 1. geom=connectivity要写么？意即，原子连接信息该还是不该保留？ 2. 我看了高斯官网上scan怎么写，它直接用R1 A1什么的来表示键长或者键角 (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scan.htm)，内坐标有两种方式来写，一种是用A123 B125 D126这样的来替代具体数值，然后数值放在后面；一种就是把具体数值直接写出来。 问题我扫描的是A原子到B原子的距离，以及B原子到C原子的距离(意即让B原子慢慢远离A，同时慢慢接近C)，B和C之间本来就不成键的，这又要怎么写啊？ 另外，刚性扫描可不可以像柔性扫描那样，写两个原子的原子编号，然后是步长和每步距离？要是可以的话应该怎么写？写了以后加在哪里？ 谢谢各位指导！ |
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astringent
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minatomirai(金币+5): ★★★★★最佳答案 2012-03-01 00:35:23
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直线的话两个变量 AB CB 非直线的话再加上 角度 ABC 是不是固定 B 原子会比较方便啊(建z-matrix的时候把B放第一个： B A 1 AB C 1 CB 2 ABC) 有没有geom=connectivity无所谓 用scan命令，在坐标后加上： AB 1.0 50 0.05 CB 3.5 50 -0.05 ABC 60.0 100 1.0 AB从1.0 angstrom扫到 3.5angstrom BC 从3.5扫到1.0 （其实正着扫倒着扫是一样的呵） ABC从60度扫到160度 |
2楼2012-02-29 04:23:47
astringent
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