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minatomirai

铁虫 (初入文坛)

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[求助] 三个原子之间的势能面扫描怎么做？

要做势能面扫描
同时扫描两个自由度，分别为A原子到B原子的距离，以及B原子到C原子的距离
用的是Z-matrix，柔性扫描我会做，但是刚性我就不会了。

1. geom=connectivity要写么？意即，原子连接信息该还是不该保留？
2. 我看了高斯官网上scan怎么写，它直接用R1 A1什么的来表示键长或者键角 (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scan.htm)，内坐标有两种方式来写，一种是用A123 B125 D126这样的来替代具体数值，然后数值放在后面；一种就是把具体数值直接写出来。

问题我扫描的是A原子到B原子的距离，以及B原子到C原子的距离(意即让B原子慢慢远离A，同时慢慢接近C)，B和C之间本来就不成键的，这又要怎么写啊？

另外，刚性扫描可不可以像柔性扫描那样，写两个原子的原子编号，然后是步长和每步距离？要是可以的话应该怎么写？写了以后加在哪里？

谢谢各位指导！

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1楼2012-02-28 19:55:08

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astringent

铜虫 (著名写手)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by mchen10 at 2012-02-29 04:23:47:
直线的话两个变量 AB CB
非直线的话再加上角度 ABC

是不是固定 B 原子会比较方便啊(建z-matrix的时候把B放第一个：
B
A 1 AB
C 1 CB 2 ABC)

有没有geom=connectivity无所谓

用scan命令，在坐标 ...

你好。请问柔性扫描之后，怎么看三维的势能面啊，怎样才能转化为平面投影？我最近也在做类似的扫描，我想取扫描后最小能量路径上的一些点的结构，可是从三位的势能面上看不太清楚，该怎么办?多谢

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4楼2012-02-29 05:38:24

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mchen10

金虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
minatomirai(金币+5): ★★★★★最佳答案 2012-03-01 00:35:23

直线的话两个变量 AB CB
非直线的话再加上角度 ABC

是不是固定 B 原子会比较方便啊(建z-matrix的时候把B放第一个：
B
A 1 AB
C 1 CB 2 ABC)

有没有geom=connectivity无所谓

用scan命令，在坐标后加上：
AB 1.0 50 0.05
CB 3.5 50 -0.05
ABC 60.0 100 1.0

AB从1.0 angstrom扫到 3.5angstrom
BC 从3.5扫到1.0 （其实正着扫倒着扫是一样的呵）
ABC从60度扫到160度

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更痛苦的是梦没醒路已经不能走了