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minatomirai

铁虫 (初入文坛)

[求助] 三个原子之间的势能面扫描怎么做?

要做势能面扫描
同时扫描两个自由度,分别为A原子到B原子的距离,以及B原子到C原子的距离
用的是Z-matrix,柔性扫描我会做,但是刚性我就不会了。

1. geom=connectivity要写么?意即,原子连接信息该还是不该保留?
2. 我看了高斯官网上scan怎么写,它直接用R1 A1什么的来表示键长或者键角 (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scan.htm),内坐标有两种方式来写,一种是用A123 B125 D126这样的来替代具体数值,然后数值放在后面;一种就是把具体数值直接写出来。

问题我扫描的是A原子到B原子的距离,以及B原子到C原子的距离(意即让B原子慢慢远离A,同时慢慢接近C),B和C之间本来就不成键的,这又要怎么写啊?

另外,刚性扫描可不可以像柔性扫描那样,写两个原子的原子编号,然后是步长和每步距离?要是可以的话应该怎么写?写了以后加在哪里?

谢谢各位指导!
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
只有scan的是可以构成三维中间的数据,才能在view中呈现三维图
5楼2012-02-29 07:40:12
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