| 查看: 1537 | 回复: 11 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
modeller multiple templates求助
|
||
|
from modeller import * log.verbose() env = environ() env.io.atom_files_directory = './:../atom_files/' aln = alignment(env) for (code, chain) in (('2mdh', 'A'), ('1bdm', 'A'), ('1b8p', 'A')): mdl = model(env, file=code, model_segment=('FIRST:'+chain, 'LAST:'+chain)) aln.append_model(mdl, atom_files=code, align_codes=code+chain) for (weights, write_fit, whole) in (((1., 0., 0., 0., 1., 0.), False, True), ((1., 0.5, 1., 1., 1., 0.), False, True), ((1., 1., 1., 1., 1., 0.), True, False)): aln.salign(rms_cutoff=3.5, normalize_pp_scores=False, rr_file='$(LIB)/as1.sim.mat', overhang=30, gap_penalties_1d=(-450, -50), gap_penalties_3d=(0, 3), gap_gap_score=0, gap_residue_score=0, dendrogram_file='fm00495.tree', alignment_type='tree', # If 'progresive', the tree is not # computed and all structues will be # aligned sequentially to the first feature_weights=weights, # For a multiple sequence alignment only # the first feature needs to be non-zero improve_alignment=True, fit=True, write_fit=write_fit, write_whole_pdb=whole, output='ALIGNMENT QUALITY') aln.write(file='fm00495.pap', alignment_format='PAP') aln.write(file='fm00495.ali', alignment_format='PIR') aln.salign(rms_cutoff=1.0, normalize_pp_scores=False, rr_file='$(LIB)/as1.sim.mat', overhang=30, gap_penalties_1d=(-450, -50), gap_penalties_3d=(0, 3), gap_gap_score=0, gap_residue_score=0, dendrogram_file='1is3A.tree', alignment_type='progressive', feature_weights=[0]*6, improve_alignment=False, fit=False, write_fit=True, write_whole_pdb=False, output='QUALITY') 这一段中，粗体字部分看不懂，期待得到解答，先谢谢了 |
回复此楼» 猜你喜欢
281求调剂（0805）
已经有8人回复
-
环境领域全国重点实验室招收博士1-2名
已经有3人回复
-
材料专硕306英一数二
已经有10人回复
-
301求调剂
已经有6人回复
-
一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂
已经有7人回复
-
302求调剂
已经有6人回复
-
26博士申请
已经有3人回复
-
268求调剂
已经有3人回复
-
311求调剂
已经有10人回复
-
被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助该怎样回复国外教授
已经有7人回复
- 【求助】2012考研南京大学356分求调剂
已经有48人回复
- 新人求助，环境专业去哪里比较好
已经有14人回复
- XRD表征求助
已经有13人回复
- 新手求助关于中科院的问题一二··
已经有7人回复
- 求助苯环上的醛基保护方法，反应的催化剂最好容易得到。
已经有4人回复
- 求助：伦敦国王学院、荷兰莱顿大学，难以选择哪个申请CSC
已经有9人回复
- MTT法求助--药物溶解问题
已经有10人回复
- 求2011年国基标书一份，愿倾所有金币【无人应助，求助结束】
已经有5人回复
- 求助翻译一段话
已经有1人回复
- 新人求助 关于公派读博
已经有7人回复
- 求助，谁错了？
已经有5人回复
- 【求助】硫酸蒽酮法测多糖出现浑浊
已经有13人回复
- 【求助】求助Easy Modeller 的使用
已经有11人回复
- 【求助】求endnote 的一个manuscript templates
已经有6人回复
- 【求助】中国药品生物制品检定所的考研真题
已经有5人回复
4楼2012-02-29 15:02:49
|
对于gap_penalties_1d明白了，在modeller网站上查到这样一句话 The gap initiation and extension penalties are specified by gap_penalties_1d. The default values of -900 -50 for the 'as1.sim.mat' similarity matrix were found to be optimal for pairwise alignments of sequences that share from 30% to 45% sequence identity (RS and AŠ, in preparation). |
3楼2012-02-29 10:39:13
5楼2012-03-03 16:36:22
6楼2012-03-03 16:40:30
