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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 关于脚本书写求助
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thelrgbird

金虫 (小有名气)

[求助] 关于脚本书写求助

在提交作业的时候写了这样一个脚本：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
rm fcc_mesh
for i in 2.6 2.65 2.7 2.75 2.8 2.85 2.9 2.95  3.0 3.05
do
cat > POSCAR << !
Pt
1.000
$i/2    $i/2     0.000
$i/2    0.000  $i/2
0.000 $i/2     $i/2
1
d
0.000 0.000 0.000
!
~/vasp
grep F= OS* >> fcc_mesh
done

运行出了不少错误…… 第一个就是不能用$i/2这个方式简单的表示算数关系，第二个是什么原因我也看不明白了…… 好像说我这样写的POSCAR有问题，麻烦各位帮忙看看，应该怎么修改一下可以呢？谢谢啦！
PS：我想建的模型就是简单的立方面心的Pt
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1楼 2012-02-16 13:50:35
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2012-02-17 09:43:37
thelrgbird(金币+2): ★有帮助 谢谢啦~ 2012-02-20 16:03:32
thelrgbird(金币+2): ★有帮助 谢谢帮助 2012-02-20 16:04:58
一，既然不可以运算，那么你可以先算一下呀
for i in 2.6 2.65 2.7 2.75 2.8 2.85 2.9 2.95  3.0 3.05（在这里算一下不就行了？）
do
cat > POSCAR << !
Pt
1.000
$i/2    $i/2     0.000
$i/2    0.000  $i/2
0.000 $i/2     $i/2

二，把你提示的错误贴上来
赞一下 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
2楼2012-02-17 09:31:08
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souledge

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
WDD880227(金币+1): 感谢交流 2012-02-18 19:45:57
thelrgbird(金币+2): ★有帮助 谢谢~ 2012-02-20 16:03:46
thelrgbird(金币+2): ★有帮助 谢谢帮助 2012-02-20 16:05:19
另外，可以用这样的方法计算：
HalfI=`echo "scale=5; $i / 2" | bc -l`
然后在晶格常数位置用$HalfI就可以了～
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思想重于技巧，内涵重于表象
3楼2012-02-18 18:04:45
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
liliangfang(金币+2): 多谢指教 2012-02-19 08:45:34
thelrgbird(金币+2): ★有帮助 谢谢 2012-02-20 16:03:57
应该是你的第一个错误导致$i/2没被执行，所以可能晶格参数没写POSCAR里面去。所以vasp根本就不认识你的POSCAR。
赞一下 回复此楼
4楼2012-02-18 21:22:48
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
另外你的grep F= OS* >> fcc_mesh是想往fcc_mesh里面写什么？
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5楼2012-02-18 21:24:30
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thelrgbird

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by 贺仪 at 2012-02-17 09:31:08:
一，既然不可以运算，那么你可以先算一下呀
for i in 2.6 2.65 2.7 2.75 2.8 2.85 2.9 2.95  3.0 3.05（在这里算一下不就行了？）
do
cat > POSCAR << !
Pt
1.000
$i/2    $i/2     0.000
$i/2   ...

这样还是不行的，$i/2在这里出现的话，最后反映在POSCAR上就是2.6/2这样的东西，貌似VASP不认……不能继续计算……
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6楼2012-02-20 09:29:45
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thelrgbird

金虫 (小有名气)
WDD880227(金币+1): 感谢交流 2012-02-20 09:39:12
引用回帖:
楼: Originally posted by souledge at 2012-02-18 18:04:45:
另外，可以用这样的方法计算：
HalfI=`echo "scale=5; $i / 2" | bc -l`
然后在晶格常数位置用$HalfI就可以了～

我最后也是在木虫上查的，用的是a= python -c "print $i/2" 但是这样的话所有的简单计算都会要重新命名一个新的变量，觉得可麻烦了…… 不知道能不能直接用某个命令让其直接算出呢？例如：
cat > POSCAR << !
Pt
1.000
{一个运算公式}    {一个运算公式}     0.000
{一个运算公式}    0.000  {一个运算公式}
0.000  {一个运算公式}    {一个运算公式}
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7楼2012-02-20 09:33:18
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thelrgbird

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by dxcharlary at 2012-02-18 21:22:48:
应该是你的第一个错误导致$i/2没被执行，所以可能晶格参数没写POSCAR里面去。所以vasp根本就不认识你的POSCAR。

您说的第一个错误是哪里？
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8楼2012-02-20 09:34:52
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thelrgbird

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by dxcharlary at 2012-02-18 21:24:30:
另外你的grep F= OS* >> fcc_mesh是想往fcc_mesh里面写什么？

这个就是想手动检测晶格参数的意思，OS*其实就是OSZICAR，懒得继续输入了
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9楼2012-02-20 09:36:07
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
WDD880227(金币+1): 感谢提示 2012-02-20 15:09:02
引用回帖:
7楼: Originally posted by thelrgbird at 2012-02-20 09:33:18:
我最后也是在木虫上查的，用的是a= python -c "print $i/2" 但是这样的话所有的简单计算都会要重新命名一个新的变量，觉得可麻烦了…… 不知道能不能直接用某个命令让其直接算出呢？例如：
cat >  ...

我记得shell根本就不支持浮点运算。用python或者是matlab吧。
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10楼2012-02-20 09:51:02
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