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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » DL_POLY报错，自由度太低
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huanghl2010

木虫 (著名写手)

[求助] DL_POLY报错，自由度太低

total degrees of freedom                         0.
rotational degrees of freedom                    0.
shell pseudo degrees of freedom                  0.
DL_POLY terminated due to error   350
error - too few degrees of freedom
以上是output的报错信息，
手册给的解释是：
Message 350: error - too few degrees of freedom
This error can arise if a small system is being simulated and the number of constraints applied is
too large.
Action:
Simulate a larger system or reduce the number of constraints.
这是要求我把盒子扩大吗？盒子大小和自由度有关系吗？求教。
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MOFs
1楼 2012-02-15 16:44:33
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nightwalker

金虫 (著名写手)
  不太明白
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奇文共欣赏，疑义相与析。
2楼2012-02-15 16:58:09
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-02-17 21:40:02
是你把分子都固定了吧, 贴出field 文件看看
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3楼2012-02-15 21:33:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huanghl2010

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by nightwalker at 2012-02-15 16:58:09:
  不太明白

MOF_N3   14.007000    0.723000    1    1
  MOF_N3   14.007000    0.723000    1    1
  MOF_N3   14.007000    0.723000    1    1
finish
CH4
nummols         1
atoms      1    mass       charge    rept
     CH4_C    16.0430      0.0000     1
rigid 1
  1    1
finish
VDW   136
MOF_Zn    MOF_Zn    lj      0.23009     4.04000
MOF_Zn    MOF_N1    lj      0.27297     3.65000

CH4采用了单点模型，NVT，一个甲烷分子。这样不对吗？我没有固定CH4,但把MOF固定住了。
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MOFs
4楼2012-02-15 21:54:13
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huanghl2010

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 043114076 at 2012-02-15 21:33:41:
是你把分子都固定了吧, 贴出field 文件看看

MOF_N3   14.007000    0.723000    1    1
  MOF_N3   14.007000    0.723000    1    1
  MOF_N3   14.007000    0.723000    1    1
finish
CH4
nummols         1
atoms      1    mass       charge    rept
     CH4_C    16.0430      0.0000     1
rigid 1
  1    1
finish
VDW   136
MOF_Zn    MOF_Zn    lj      0.23009     4.04000
MOF_Zn    MOF_N1    lj      0.27297     3.65000

CH4采用了单点模型，NVT，一个甲烷分子。这样不对吗？我没有固定CH4,但把MOF固定住了。
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MOFs
5楼2012-02-15 21:55:13
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

jiaoyixiong(金币+3): 鼓励交流 2012-02-16 00:18:40
一个甲烷分子太少了
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6楼2012-02-15 22:03:43
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huanghl2010

木虫 (著名写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by 043114076 at 2012-02-15 22:03:43:
一个甲烷分子太少了

是太少，但这是特殊情况。就是要研究一个分子的情形啊
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MOFs
7楼2012-02-15 22:10:54
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043114076

木虫 (正式写手)
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2012-02-17 21:40:22
引用回帖:
7楼: Originally posted by huanghl2010 at 2012-02-15 22:10:54:
是太少，但这是特殊情况。就是要研究一个分子的情形啊

什么意思, 一般不会用MM只研究一个小分子的体系
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8楼2012-02-15 23:02:09
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huanghl2010

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 043114076 at 2012-02-15 23:02:09:
什么意思, 一般不会用MM只研究一个小分子的体系

我是研究甲烷在MOF材料中的扩散，MOF材料和沸石非常类似。CH4采用了一个分子，但MOF晶胞有上千个原子。
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MOFs
9楼2012-02-16 08:19:15
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043114076

木虫 (正式写手)
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2012-02-17 21:40:30
引用回帖:
9楼: Originally posted by huanghl2010 at 2012-02-16 08:19:15:
我是研究甲烷在MOF材料中的扩散，MOF材料和沸石非常类似。CH4采用了一个分子，但MOF晶胞有上千个原子。

MOF原子是固定的不考虑
气体扩散,使用一个气体分子的模型肯定是不对的. 因为最后你分析数据是统计结果,所以模型比较大才有统计意义.
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10楼2012-02-16 08:53:50
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