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zhongyunxia新虫 (小有名气)
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[求助]
CH3(CH2)14COOH的itp问题
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各位大虾，我用progrg画了个棕榈酸（十六烷酸）的结构，获得它的itp,想在96力场中计算它的密度。itp如下所示： [ moleculetype ] ; Name nrexcl DRG 3 [ atoms ] ; nr type resnr resid atom cgnr charge mass 1 OM 1 DRG OAB 1 -0.738 15.9994 2 C 1 DRG CAR 1 0.350 12.0110 3 OM 1 DRG OAC 1 -0.739 15.9994 4 CH2 1 DRG CAQ 1 0.032 14.0270 5 CH2 1 DRG CAP 1 0.032 14.0270 6 CH2 1 DRG CAO 1 0.032 14.0270 7 CH2 1 DRG CAN 1 0.031 14.0270 8 CH2 1 DRG CAM 2 0.000 14.0270 9 CH2 1 DRG CAL 2 0.000 14.0270 10 CH2 1 DRG CAK 2 0.001 14.0270 11 CH2 1 DRG CAJ 2 -0.001 14.0270 12 CH2 1 DRG CAI 3 0.000 14.0270 13 CH2 1 DRG CAH 3 0.000 14.0270 14 CH2 1 DRG CAG 3 0.000 14.0270 15 CH2 1 DRG CAF 4 0.011 14.0270 16 CH2 1 DRG CAE 4 0.011 14.0270 17 CH2 1 DRG CAD 4 0.011 14.0270 18 CH3 1 DRG CAA 4 -0.033 15.0350 可看出只有16个碳和2个氧，没有羧基氢。但是体系电荷是为-1，请教各位大虾，这个羧基氢怎么处理？体系电荷不为零，我尝试用氢去平衡电荷，可是行不通，请各位高手指点迷津，感激不尽！ |
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