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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » CH3(CH2)14COOH的itp问题
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zhongyunxia

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[求助] CH3(CH2)14COOH的itp问题

各位大虾，我用progrg画了个棕榈酸（十六烷酸）的结构，获得它的itp,想在96力场中计算它的密度。itp如下所示：
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
DRG      3

[ atoms ]
;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass
     1        OM     1  DRG     OAB     1   -0.738  15.9994   
     2         C     1  DRG     CAR     1    0.350  12.0110   
     3        OM     1  DRG     OAC     1   -0.739  15.9994   
     4       CH2     1  DRG     CAQ     1    0.032  14.0270   
     5       CH2     1  DRG     CAP     1    0.032  14.0270   
     6       CH2     1  DRG     CAO     1    0.032  14.0270   
     7       CH2     1  DRG     CAN     1    0.031  14.0270   
     8       CH2     1  DRG     CAM     2    0.000  14.0270   
     9       CH2     1  DRG     CAL     2    0.000  14.0270   
    10       CH2     1  DRG     CAK     2    0.001  14.0270   
    11       CH2     1  DRG     CAJ     2   -0.001  14.0270   
    12       CH2     1  DRG     CAI     3    0.000  14.0270   
    13       CH2     1  DRG     CAH     3    0.000  14.0270   
    14       CH2     1  DRG     CAG     3    0.000  14.0270   
    15       CH2     1  DRG     CAF     4    0.011  14.0270   
    16       CH2     1  DRG     CAE     4    0.011  14.0270   
    17       CH2     1  DRG     CAD     4    0.011  14.0270   
    18       CH3     1  DRG     CAA     4   -0.033  15.0350   
可看出只有16个碳和2个氧，没有羧基氢。但是体系电荷是为-1，请教各位大虾，这个羧基氢怎么处理？体系电荷不为零，我尝试用氢去平衡电荷，可是行不通，请各位高手指点迷津，感激不尽！
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1楼 2012-02-15 10:52:44
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