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zhangguangping木虫 (著名写手)
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PBS下同一用户同时使用不同版本的Gaussian的方便做法 已有3人参与
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针对集群上有多种不同版本的Gaussian软件，同一用户想同时使用多种版本做计算的做法，前段时间一直没有解决。当时的做法是让用户在自己的环境变量文件中只设置一种版本，如果想用另外一种版本，那么需要修改一下环境变量文件，然后重新开启shell。这种做法无疑比较繁琐，给用户带来了不便。另外的一个办法就是将不同版本的Gaussian环境变量写到不同的文件中去，想用哪个版本，需要重新开启新shell后，然后执行对应版本的环境文件。这个方法相对第一种方案较方便。 上面的环境设置，咱们不妨称为【针对用户】的。 自从使用PBS作为任务管理之后，感觉可以将Gaussian的环境设置变为【针对任务】的，而不是【针对用户】的。这样就可以用户不用对Gaussian设置环境变量，而是将环境变量的设置放到脚本中，之前也见过有人这么做过。举例如下： Gaussian98的任务脚本： ############################ #!/bin/sh #PBS -N Gaussian #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=200:00:00 #PBS -q GAUSSIAN #PBS -j oe # Envrionment setting for Gaussian98 # export g98root=/usr/local/software PATH=$g98root/g98:$PATH export PATH source $g98root/g98/bsd/g98.profile # # End of envrionment setting for Gaussian98 mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID cd /tmp/$PBS_JOBID g98 mdbh-CN_SH.gjf cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR rm -rf /tmp/$PBS_JOBID ############################ Gaussian03的任务脚本： ############################ #!/bin/sh #PBS -N Gaussian #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=200:00:00 #PBS -q GAUSSIAN #PBS -j oe #Environment setting for Gaussian03 # export g03root=/usr/local/software PATH=$g03root/g03:$PATH export PATH source $g03root/g03/bsd/g03.profile # # End of environment setting for Gaussian03 mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID cd /tmp/$PBS_JOBID g03 mdbh-CN_SH.gjf cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR rm -rf /tmp/$PBS_JOBID ############################ Gaussian09的任务脚本： ############################ #!/bin/sh #PBS -N Gaussian #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=200:00:00 #PBS -q GAUSSIAN #PBS -j oe # Envrionment setting for Gaussian09 # export g09root=/usr/local/software PATH=$g09root/g09:$PATH export PATH source $g09root/g09/bsd/g09.profile # # End of envrionment setting for Gaussian09 mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID cd /tmp/$PBS_JOBID g09 mdbh-CN_SH.gjf cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR rm -rf /tmp/$PBS_JOBID ############################ 也就是说脚本中包含了对应版本的Gaussian的环境设置，这个环境设置只对该任务有效。所以用户登录之后，可以在一个shell里面可以同时采用不通版本的Gaussian提交任务。任务之间互不干扰。 上述也许有经验的管理员熟知的方案，但是对于新手管理原来说应该会有帮助。 [ Last edited by zhangguangping on 2012-3-13 at 23:10 ] |
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