| 查看: 1831 | 回复: 7 | ||||
| 本帖产生 1 个 计算强帖 ，点击这里进行查看 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
zhangguangping木虫 (著名写手)
|
[交流]
PBS下同一用户同时使用不同版本的Gaussian的方便做法 已有3人参与
|
|||
|
针对集群上有多种不同版本的Gaussian软件，同一用户想同时使用多种版本做计算的做法，前段时间一直没有解决。当时的做法是让用户在自己的环境变量文件中只设置一种版本，如果想用另外一种版本，那么需要修改一下环境变量文件，然后重新开启shell。这种做法无疑比较繁琐，给用户带来了不便。另外的一个办法就是将不同版本的Gaussian环境变量写到不同的文件中去，想用哪个版本，需要重新开启新shell后，然后执行对应版本的环境文件。这个方法相对第一种方案较方便。 上面的环境设置，咱们不妨称为【针对用户】的。 自从使用PBS作为任务管理之后，感觉可以将Gaussian的环境设置变为【针对任务】的，而不是【针对用户】的。这样就可以用户不用对Gaussian设置环境变量，而是将环境变量的设置放到脚本中，之前也见过有人这么做过。举例如下： Gaussian98的任务脚本： ############################ #!/bin/sh #PBS -N Gaussian #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=200:00:00 #PBS -q GAUSSIAN #PBS -j oe # Envrionment setting for Gaussian98 # export g98root=/usr/local/software PATH=$g98root/g98:$PATH export PATH source $g98root/g98/bsd/g98.profile # # End of envrionment setting for Gaussian98 mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID cd /tmp/$PBS_JOBID g98 mdbh-CN_SH.gjf cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR rm -rf /tmp/$PBS_JOBID ############################ Gaussian03的任务脚本： ############################ #!/bin/sh #PBS -N Gaussian #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=200:00:00 #PBS -q GAUSSIAN #PBS -j oe #Environment setting for Gaussian03 # export g03root=/usr/local/software PATH=$g03root/g03:$PATH export PATH source $g03root/g03/bsd/g03.profile # # End of environment setting for Gaussian03 mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID cd /tmp/$PBS_JOBID g03 mdbh-CN_SH.gjf cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR rm -rf /tmp/$PBS_JOBID ############################ Gaussian09的任务脚本： ############################ #!/bin/sh #PBS -N Gaussian #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=200:00:00 #PBS -q GAUSSIAN #PBS -j oe # Envrionment setting for Gaussian09 # export g09root=/usr/local/software PATH=$g09root/g09:$PATH export PATH source $g09root/g09/bsd/g09.profile # # End of envrionment setting for Gaussian09 mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID cd /tmp/$PBS_JOBID g09 mdbh-CN_SH.gjf cp -r /tmp/$PBS_JOBID/* $PBS_O_WORKDIR rm -rf /tmp/$PBS_JOBID ############################ 也就是说脚本中包含了对应版本的Gaussian的环境设置，这个环境设置只对该任务有效。所以用户登录之后，可以在一个shell里面可以同时采用不通版本的Gaussian提交任务。任务之间互不干扰。 上述也许有经验的管理员熟知的方案，但是对于新手管理原来说应该会有帮助。 [ Last edited by zhangguangping on 2012-3-13 at 23:10 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Gaussian |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
quantumor» 猜你喜欢
2026年第五届电气、电子与信息工程国际会议（ISEEIE 2026）
已经有0人回复
-
哈尔滨理工大学物理系招收物理学考研调剂
已经有5人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有125人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂
已经有5人回复
-
求调剂
已经有0人回复
-
0702一志愿吉大B区求调剂有论文
已经有0人回复
-
请问还有没有用Latex写文章的小伙伴们？
已经有0人回复
-
光学工程学硕调剂信息
已经有30人回复
-
欢迎加入课题组
已经有0人回复
-
散金币，求好运，祝面上顺利！
已经有62人回复
-
华东师范大学芯片设计徐珑真实水平咋样
已经有1人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 笔记本运行Gaussian,装linux系统能加快计算速度么
已经有16人回复
- gaussian09 linux安装问题
已经有5人回复
- 流动相不同，峰面积怎么也不同呢？？
已经有5人回复
- 使用chem3D调用gaussian
已经有3人回复
- 地塞米松溶于水或者PBS中吗？
已经有10人回复
- Gaussian中原子净电荷的指定
已经有3人回复
- Gaussian计算得到的前线分子轨道图能说明什么？
已经有7人回复
- 求一个可以在i686，也就是ia32的CUP上使用的gaussian09
已经有10人回复
- 【其他】扫描了一份Gaussian 09使用手册（但进来以后，你会很失望）
已经有34人回复
- 【求助】请教Gaussian for Win, Unix, Linux不同版本的区别
已经有4人回复
- 【求助】ORCA, Turbomole, Gamess这些软件比GAUSSIAN有什么优势吗
已经有4人回复
- 【分享】无意中搜索到的很多最新版本fortran免费下
已经有5人回复
- 【交流】pbs缓冲液的配置
已经有3人回复
zhangguangping
木虫 (著名写手)
- 计算强帖: 6
- 应助: 71 (初中生)
- 贵宾: 0.031
- 金币: 1973.1
- 散金: 9059
- 红花: 79
- 帖子: 2681
- 在线: 2128.8小时
- 虫号: 529624
- 注册: 2008-03-20
- 性别: GG
- 专业: 原子和分子物理
5楼2012-08-01 11:35:27
quantumor
金虫 (著名写手)
快乐兔子
- 应助: 13 (小学生)
- 金币: 8506.3
- 散金: 10
- 红花: 14
- 帖子: 1898
- 在线: 215.9小时
- 虫号: 630331
- 注册: 2008-10-19
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
3楼2012-06-27 20:34:50
4楼2012-08-01 11:33:04
6楼2012-08-01 23:06:55
