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zhangguangping

木虫 (著名写手)

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[交流] PBS下同一用户同时使用不同版本的Gaussian的方便做法已有3人参与

针对集群上有多种不同版本的Gaussian软件，同一用户想同时使用多种版本做计算的做法，前段时间一直没有解决。当时的做法是让用户在自己的环境变量文件中只设置一种版本，如果想用另外一种版本，那么需要修改一下环境变量文件，然后重新开启shell。这种做法无疑比较繁琐，给用户带来了不便。另外的一个办法就是将不同版本的Gaussian环境变量写到不同的文件中去，想用哪个版本，需要重新开启新shell后，然后执行对应版本的环境文件。这个方法相对第一种方案较方便。
上面的环境设置，咱们不妨称为【针对用户】的。

自从使用PBS作为任务管理之后，感觉可以将Gaussian的环境设置变为【针对任务】的，而不是【针对用户】的。这样就可以用户不用对Gaussian设置环境变量，而是将环境变量的设置放到脚本中，之前也见过有人这么做过。举例如下：

Gaussian98的任务脚本：
############################
#!/bin/sh
#PBS -N Gaussian
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=200:00:00
#PBS -q GAUSSIAN
#PBS -j oe

# Envrionment setting for Gaussian98
#
export g98root=/usr/local/software
PATH=$g98root/g98:$PATH
export PATH
source $g98root/g98/bsd/g98.profile
#
# End of envrionment setting for Gaussian98

mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID

cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID

cd /tmp/$PBS_JOBID

g98 mdbh-CN_SH.gjf

cp -r /tmp/$PBS_JOBID/*  $PBS_O_WORKDIR

rm -rf /tmp/$PBS_JOBID
############################
Gaussian03的任务脚本：
############################
#!/bin/sh
#PBS -N Gaussian
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=200:00:00
#PBS -q GAUSSIAN
#PBS -j oe

#Environment setting for Gaussian03
#
export g03root=/usr/local/software
PATH=$g03root/g03:$PATH
export PATH
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
#
# End of environment setting for Gaussian03

mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID

cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID

cd /tmp/$PBS_JOBID

g03 mdbh-CN_SH.gjf

cp -r /tmp/$PBS_JOBID/*  $PBS_O_WORKDIR

rm -rf /tmp/$PBS_JOBID
############################
Gaussian09的任务脚本：
############################
#!/bin/sh
#PBS -N Gaussian
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=200:00:00
#PBS -q GAUSSIAN
#PBS -j oe

# Envrionment setting for Gaussian09
#
export g09root=/usr/local/software
PATH=$g09root/g09:$PATH
export PATH
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
#
# End of envrionment setting for Gaussian09

mkdir -p /tmp/$PBS_JOBID

cp -r $PBS_O_WORKDIR/* /tmp/$PBS_JOBID

cd /tmp/$PBS_JOBID

g09 mdbh-CN_SH.gjf

cp -r /tmp/$PBS_JOBID/*  $PBS_O_WORKDIR

rm -rf /tmp/$PBS_JOBID
############################

也就是说脚本中包含了对应版本的Gaussian的环境设置，这个环境设置只对该任务有效。所以用户登录之后，可以在一个shell里面可以同时采用不通版本的Gaussian提交任务。任务之间互不干扰。

上述也许有经验的管理员熟知的方案，但是对于新手管理原来说应该会有帮助。

[ Last edited by zhangguangping on 2012-3-13 at 23:10 ]

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弘德明志博学笃行

1楼2012-02-12 16:19:34

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