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wangth0921

铁虫 (职业作家)

[求助] NWChem 如何单机多核心并行

刚装了个NWChem 6.0，网上直接下载的Linux编译好的版本，单核允许没有问题。把NWChem6.1也给编译了一下，单核运行也没问题。

我们的机器单个节点上有12个核心，现在想请教怎么在单个节点上并行。编译过程中也设置了openmpi，但编译完后，可执行文件就一个。
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1楼 2012-02-10 17:11:54
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wuy069

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
gmy1990: 金币+2 2012-05-13 19:15:10
wangth0921: 金币+50, ★★★很有帮助 2012-05-13 21:37:20
mpirun -np 12 $your_path_nwchem/bin/LINUX64/nwchem test.nw &> /test.out &
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2楼2012-05-13 10:54:21
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jove1782

木虫 (正式写手)

小木虫风雅协会代理秘书长
这样可以么？不设置ssh链接？ 不设置hosts？
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もっとも永く続く?郅稀螭铯欷�?郅扦ⅳ搿�
3楼2012-05-21 21:56:38
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wangth0921

铁虫 (职业作家)
好像可以。用top查看，在一台机器上可以看到几个nwchem同时运行。
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4楼2012-05-22 13:44:49
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jove1782

木虫 (正式写手)

小木虫风雅协会代理秘书长
恩 试过了 mpirun -np 12 nwchem **
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もっとも永く続く?郅稀螭铯欷�?郅扦ⅳ搿�
5楼2012-05-28 20:13:30
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
引用回帖:
3楼: Originally posted by jove1782 at 2012-05-21 21:56:38
这样可以么？不设置ssh链接？ 不设置hosts？

现在是单节点， 设置hosts以及ssh链接那就是多节点并行了.
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6楼2012-05-28 21:25:14
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jove1782

木虫 (正式写手)

小木虫风雅协会代理秘书长
引用回帖:
6楼: Originally posted by gmy1990 at 2012-05-28 21:25:14
现在是单节点， 设置hosts以及ssh链接那就是多节点并行了....

嗯 Intel MPI安装时有选项 是单机还是集群
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もっとも永く続く?郅稀螭铯欷�?郅扦ⅳ搿�
7楼2012-05-29 12:53:54
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hee_csu

新虫 (著名写手)
楼主，你好，我也是在网上直接下载NWChem6.0的Linux编译好的版本，单核计算就有问题：nwchem: error while loading shared libraries: libmpi.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory。
能给点建议吗？
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今天有点凉
8楼2013-08-12 18:21:52
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wangth0921

铁虫 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hee_csu at 2013-08-12 18:21:52
楼主，你好，我也是在网上直接下载NWChem6.0的Linux编译好的版本，单核计算就有问题：nwchem: error while loading shared libraries: libmpi.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory。
...

我只是很幸运的编译通过了，简单测试了一下多核计算，没太在意单核计算，经验也不很多。只能猜是MPI链接的问题。
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9楼2013-08-12 23:41:30
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jkfdhgsk

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by hee_csu at 2013-08-12 18:21:52
楼主，你好，我也是在网上直接下载NWChem6.0的Linux编译好的版本，单核计算就有问题：nwchem: error while loading shared libraries: libmpi.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory。
...

显然是找不到共享库。设置一下LD_LIBRARY_PATH什么的。
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10楼2013-08-15 17:44:43
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