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小卷xujunli

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 200618530201 at 2012-02-06 16:21:52
我们导师叫我用amber,没得选,您有相关经验吗?我现在就是用charmm-gui加完膜了。想导入amber中做动力学。可是有些原子类型不对,不知道如何做,谢谢了!...

你好,我现在也是用amber做膜蛋白,用charmm-gui加完膜了,但是加入立场时,老提示the file contained 859 atoms not in residue templates
想请问一下这是怎么回事儿?
11楼2013-09-09 13:59:31
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ningll10

新虫 (小有名气)

我用了charmm gui,发现charmm gui加膜的时候用replace的方法问题比较大,磷脂末端键的交叉非常严重,最小化的时候能来非常高,最小化就过不去了,而用Insert的方法则没有问题。
12楼2013-09-16 09:28:35
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therotyonth

金虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by 小卷xujunli at 2013-09-09 13:59:31
你好,我现在也是用amber做膜蛋白,用charmm-gui加完膜了,但是加入立场时,老提示the file contained 859 atoms not in residue templates
想请问一下这是怎么回事儿?...

我用amber,不过不是做膜蛋白!你用的力场可以考虑换一下试试!
13楼2013-10-15 18:45:14
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君不知msc

新虫 (初入文坛)

楼主还在不??  能不能有个联系方式啊    导师刚给安排的让用charmm gui 构建膜蛋白   想请教一下咋么做的
14楼2017-09-14 17:23:57
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15楼2021-08-07 20:30:08
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