有没有人用Amber做过膜蛋白动力学模拟 - 分子模拟 - Gromacs/Amber/NAMD

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小卷xujunli

金虫 (初入文坛)

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专业: 生物信息学

引用回帖:

4楼: Originally posted by 200618530201 at 2012-02-06 16:21:52
我们导师叫我用amber，没得选，您有相关经验吗？我现在就是用charmm-gui加完膜了。想导入amber中做动力学。可是有些原子类型不对，不知道如何做，谢谢了！...

你好，我现在也是用amber做膜蛋白，用charmm-gui加完膜了，但是加入立场时，老提示the file contained 859 atoms not in residue templates
想请问一下这是怎么回事儿？

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11楼2013-09-09 13:59:31

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ningll10

新虫 (小有名气)

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专业: 生物化学

我用了charmm gui，发现charmm gui加膜的时候用replace的方法问题比较大，磷脂末端键的交叉非常严重，最小化的时候能来非常高，最小化就过不去了，而用Insert的方法则没有问题。

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12楼2013-09-16 09:28:35

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therotyonth

金虫 (正式写手)

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引用回帖:

11楼: Originally posted by 小卷xujunli at 2013-09-09 13:59:31
你好，我现在也是用amber做膜蛋白，用charmm-gui加完膜了，但是加入立场时，老提示the file contained 859 atoms not in residue templates
想请问一下这是怎么回事儿？...

我用amber，不过不是做膜蛋白！你用的力场可以考虑换一下试试！

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13楼2013-10-15 18:45:14

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