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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 有没有人用Amber做过膜蛋白动力学模拟
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200618530201

金虫 (小有名气)

[求助] 有没有人用Amber做过膜蛋白动力学模拟

请问有没有人用Amber做过膜蛋白的动力学模拟啊？我是新手，想请教一下，谢谢大家了！
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1楼 2012-02-06 11:54:58
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小卷xujunli

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 200618530201 at 2012-02-06 16:21:52
我们导师叫我用amber，没得选，您有相关经验吗？我现在就是用charmm-gui加完膜了。想导入amber中做动力学。可是有些原子类型不对，不知道如何做，谢谢了！...

你好，我现在也是用amber做膜蛋白，用charmm-gui加完膜了，但是加入立场时，老提示the file contained 859 atoms not in residue templates
想请问一下这是怎么回事儿？
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11楼2013-09-09 13:59:31
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leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
200618530201(金币+2): ★有帮助 2012-02-06 16:22:21
前几年用amber做膜蛋白的动力学还比较少，近几年的也不多，大家都用charmm或者gromacs，你是不是允许可以考虑换个软件啊？
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3楼2012-02-06 16:08:50
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200618530201

金虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by leo1252 at 2012-02-06 16:08:50:
前几年用amber做膜蛋白的动力学还比较少，近几年的也不多，大家都用charmm或者gromacs，你是不是允许可以考虑换个软件啊？

我们导师叫我用amber，没得选，您有相关经验吗？我现在就是用charmm-gui加完膜了。想导入amber中做动力学。可是有些原子类型不对，不知道如何做，谢谢了！
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4楼2012-02-06 16:21:52
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sfwere

至尊木虫 (职业作家)
LZ是镁铝 大家快来回噢
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最是寂寞心
8楼2012-02-07 09:49:33
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