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200618530201

金虫 (小有名气)

[求助] 有没有人用Amber做过膜蛋白动力学模拟

请问有没有人用Amber做过膜蛋白的动力学模拟啊?我是新手,想请教一下,谢谢大家了!
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therotyonth

金虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by 小卷xujunli at 2013-09-09 13:59:31
你好,我现在也是用amber做膜蛋白,用charmm-gui加完膜了,但是加入立场时,老提示the file contained 859 atoms not in residue templates
想请问一下这是怎么回事儿?...

我用amber,不过不是做膜蛋白!你用的力场可以考虑换一下试试!
13楼2013-10-15 18:45:14
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leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
200618530201(金币+2): 有帮助 2012-02-06 16:22:21
前几年用amber做膜蛋白的动力学还比较少,近几年的也不多,大家都用charmm或者gromacs,你是不是允许可以考虑换个软件啊?
3楼2012-02-06 16:08:50
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200618530201

金虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by leo1252 at 2012-02-06 16:08:50:
前几年用amber做膜蛋白的动力学还比较少,近几年的也不多,大家都用charmm或者gromacs,你是不是允许可以考虑换个软件啊?

我们导师叫我用amber,没得选,您有相关经验吗?我现在就是用charmm-gui加完膜了。想导入amber中做动力学。可是有些原子类型不对,不知道如何做,谢谢了!
4楼2012-02-06 16:21:52
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sfwere

至尊木虫 (职业作家)

LZ是镁铝 大家快来回噢
最是寂寞心
8楼2012-02-07 09:49:33
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