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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 使用 AUG-cc-pV6Z基组计算，出现错误。
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

[求助] 使用 AUG-cc-pV6Z基组计算，出现错误。

输入文件：
%Nprocs=12
%mem=10GB
%chk=C6H6O-diffuse-charged-aug-V6Z.chk
# B3LYP/Gen opt pop=full

diffuse basis for O

-1 1
C                 -1.85849048    0.22641509    0.00000000
C                 -0.46333048    0.22641509    0.00000000
C                  0.23420752    1.43416609    0.00000000
C                 -0.46344648    2.64267509   -0.00119900
C                 -1.85827148    2.64259709   -0.00167800
C                 -2.55587248    1.43439109   -0.00068200
H                 -2.40824948   -0.72590191    0.00045000
H                  0.08617752   -0.72609791    0.00131500
H                  0.08675352    3.59481809   -0.00125800
H                 -2.40839348    3.59487809   -0.00263100
H                 -3.65547648    1.43457409   -0.00086200
O                  1.66420727    1.43427012    0.00082444

C H 0
6-31G
****
O 0
AUG-cc-pV6Z
****

O 0
AUG-cc-pV6Z

计算到一个地方就出错结束了。不清楚是什么原因导致的。看了一下不是内存的问题，也不是磁盘空间的问题。请高手指教

出错信息：
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
libpthread.so.0    00002B07B3848C00  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread.so.0    00002B07B3848AAD  Unknown               Unknown  Unknown
l601.exe           00000000008AB872  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread.so.0    00002B07B3841143  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00002B07B3A148CD  Unknown               Unknown  Unknown

出错位置：
   ........
   247  (A)--V       31.18479  35.01120
     248  (A)--V       33.95025  43.16759
     249  (A)--V       33.95077  43.18851
     250  (A)--V       33.96475  43.18219
     251  (A)--V       34.07656  43.30313
     252  (A)--V       34.09767  43.34496
     253  (A)--V       98.11472 185.87558
Total kinetic energy from orbitals= 3.051806818568D+02

补充：使用AUG-cc-pV5Z正常计算，正常结束。

[ Last edited by zhangguangping on 2012-2-5 at 17:11 ]
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弘德明志博学笃行
1楼 2012-02-05 17:05:44
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
错误信息在哪里？
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2楼2012-02-06 01:10:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wzwanglab

至尊木虫 (职业作家)

皇帝
我是初学者，请教一下楼主，为什么C,H用那么小的基组，而O用这么大的基组？有什么说法吗？
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3楼2012-02-06 05:04:31
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
segmentation fault occurred
这个就是错误信息了。
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
4楼2012-02-06 09:19:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by nyzhaoyin at 2012-02-06 01:10:08:
错误信息在哪里？

计算到这个位置的时候
........
   247  (A)--V       31.18479  35.01120
     248  (A)--V       33.95025  43.16759
     249  (A)--V       33.95077  43.18851
     250  (A)--V       33.96475  43.18219
     251  (A)--V       34.07656  43.30313
     252  (A)--V       34.09767  43.34496
     253  (A)--V       98.11472 185.87558
Total kinetic energy from orbitals= 3.051806818568D+02
出来的错误是：
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
libpthread.so.0    00002B07B3848C00  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread.so.0    00002B07B3848AAD  Unknown               Unknown  Unknown
l601.exe           00000000008AB872  Unknown               Unknown  Unknown
libpthread.so.0    00002B07B3841143  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00002B07B3A148CD  Unknown               Unknown  Unknown

这个错误不是在高斯的输出文件中，而是在PBS提交的脚本的标准错误文件中。
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弘德明志博学笃行
5楼2012-02-06 09:25:45
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
去lib  lib64文件夹看看那些**so。**文件有没？
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

zhangguangping
6楼2012-02-06 09:26:04
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by abbott at 2012-02-06 09:19:54:
segmentation fault occurred
这个就是错误信息了。

请教一下，这个错误信息能说明什么问题呢？好像是一个片段错误。如果是一般的程序的话，我会怀疑系统设置的时候没有设置上ulimit -s unlimited,
但是高斯不存在这样的错误。而起我将上面的设置也写到环境变量里面去了。

还有就是这个错误不是在高斯的标准输出文件中出来的，而是在PBS的标准错误输出文件中的。
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弘德明志博学笃行
7楼2012-02-06 09:27:52
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangguangping at 2012-02-06 09:25:45:
计算到这个位置的时候
........
   247  (A)--V       31.18479  35.01120
     248  (A)--V       33.95025  43.16759
     249  (A)--V       33.95077  43.18851
     250  (A)--V       33.96475  43.1 ...

都有这些文件，看到这个错误好像是l601.exe的错误。但是为什么使用AUG-cc-pV5Z就可以正常算呢？
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弘德明志博学笃行
8楼2012-02-06 09:30:32
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by nyzhaoyin at 2012-02-06 09:26:04:
去lib  lib64文件夹看看那些**so。**文件有没？

zhanggp@node00:/usr/local/software/g03> ldd l601.exe
        libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00002af43a321000)
        libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00002af43a476000)
        libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00002af43a58f000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00002af43a205000)
        libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00002af43a7d0000)
        libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00002af43a8dd000)
是可以找到文件的。用基组AUG-cc-pV5Z的时候可以算。
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弘德明志博学笃行
9楼2012-02-06 09:32:21
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wzwanglab at 2012-02-06 05:04:31:
我是初学者，请教一下楼主，为什么C,H用那么小的基组，而O用这么大的基组？有什么说法吗？

没什么说法，仅仅是想看一下它的负电性。
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弘德明志博学笃行
10楼2012-02-06 09:33:03
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