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wszjt1

铁虫 (初入文坛)

[求助] 【交流/求助】在用modeltest计算后的结果如何在paup下运行 已有1人参与

首先我用jmodeltest进行模型分析,结果如下:
  ML optimized tree topology
   Model = TIM1+I+G
   partition = 012230
   -lnL = 10949.8419
   K = 90
   freqA = 0.2772
   freqC = 0.2322
   freqG = 0.2240
   freqT = 0.2666
   R(a) [AC] =  1.0000
   R(b) [AG] =  4.4136
   R(c) [AT] =  0.5943
   R(d) [CG] =  0.5943
   R(e) [CT] =  5.2383
   R(f) [GT] =  1.0000
   p-inv = 0.0220
   gamma shape = 1.0810
  Computation time = 00h:00:32:08  (01h:04:24:08)
整理后为: Lset Base=(0.2772 0.2322 0.2241) Nst=6 Rmat=(1.0000 4.4136 0.5943 0.5943 5.2383) Rates=gamma Shape= 1.0810 Pinvar= 0.0220

然后打开paup,双击38.nex文件。
如图1;复制整理后内容到paup内的光标处,单击execute。如图2.然后没有任何反映,再输入showtree,提示是there are no trees in memory.求教这是什麽情况啊,应该怎么才能让他画出进化树啊????

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洛可可薇薇

铁虫 (小有名气)

好像是复制在BEGIN PAUP后面
3楼2016-03-08 11:36:02
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雨中的雕塑

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

这个好像复制粘贴到。nex文件的最后面,然后运行
我愿天下人:人人得以智慧之光,去开启生命之真谛
2楼2014-06-16 11:54:03
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