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04nylxb木虫 (正式写手)
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vasp跨节点运行出错，mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1089)
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最近在集群上编译带CNEB的vasp5.2，并行vasp编译成功，在单个节点（每个节点八核）上运行 $ mpirun -np 8 vasp 时候，top下，发现确实出现八个vasp进程。 但是，跨节点的时候，确出错了，出错信息如下： running on 15 nodes distr: one band on 1 nodes, 15 groups vasp.5.2.12 11Nov11 complex POSCAR found : 1 types and 2 ions ----------------------------------------------------------------------------- | | | W W AA RRRRR N N II N N GGGG !!! | | W W A A R R NN N II NN N G G !!! | | W W A A R R N N N II N N N G !!! | | W WW W AAAAAA RRRRR N N N II N N N G GGG ! | | WW WW A A R R N NN II N NN G G | | W W A A R R N N II N N GGGG !!! | | | | For optimal performance we recommend that you set | | NPAR = approx SQRT( number of cores) | | This will greatly improve the performance of VASP for DFT. | | The default NPAR=number of cores might be grossly inefficient | | on modern multi-core architectures or massively parallel machines. | | Unfortunately you need to use the default for hybrid, GW and RPA | | calculations. | | | ----------------------------------------------------------------------------- LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew found WAVECAR, reading the header number of bands has changed, file: 12 present: 15 trying to continue reading WAVECAR, but it might fail POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected FFT: planning ...( 1 ) reading WAVECAR random initialization beyond band 13 the WAVECAR file was read sucessfully initial charge from wavefunction entering main loop N E dE d eps ncg rms rms(c) mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1089): stdin problem; if pgm is run in background, redirect from /dev/null mpiexec_node-1 (handle_stdin_input 1090): e.g.: mpiexec -n 4 a.out < /dev/null & rank 14 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 14: killed by signal 11 rank 13 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 13: killed by signal 9 rank 9 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 9: killed by signal 11 rank 8 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 8: killed by signal 11 rank 4 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 4: killed by signal 11 rank 3 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 3: killed by signal 9 rank 2 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 2: killed by signal 9 rank 1 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks exit status of rank 1: killed by signal 11 rank 0 in job 14 node-1_49061 caused collective abort of all ranks 其中node-1是我的控制节点。进程数为12以下的时候都运行正常 $ mpirun -machinefile ~/machinefile -np 12 vasp > 5out 其中，mpich2，我用cpi测试，各个节点都OK的，并且能够跑上百个核。 求高人指点，为什么vasp跨节点的时候出现这样的错误？该如何解决？非常感谢啊。 另，想问下，编译的时候，make makeparam，生成的这个makeparam是干嘛用的？ |
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franch(金币+2): 鼓励交流，，呵呵 2012-01-09 20:12:34
franch(金币+2): 鼓励交流，，呵呵 2012-01-09 20:12:34
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非常感谢。 嗯，NPAR我都设成了并行的核数了，感觉这个节点数无法估计啊，有时候任务调度系统分配给4个节点，有时候分配给10个节点。是否不需要严格的节点数？按照它说的近似corse的开方即可？ mpi方面，我用的是mpich2，我用Mpi自带的examples下面的cpi测试，发现并行都是顺利完成，指定几个节点，输出里面会有相应的节点运行报告，是否可以说mpi安装是好的？ 我昨天测试运行的时候还发现一个问题，有时候去提交任务，-np 64之类的，任务正常，各个节点都会分配vasp任务，然后过了一两个小时之后，再次运行同样的任务，vasp又出现上面的错误了，汗，郁闷啊。 |
5楼2012-01-09 19:14:05
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