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xinjinliang

铜虫 (初入文坛)

[求助] PLAT430_ B类错误修改

PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  O1W    ..  O12     ..       2.76 Ang.
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact  O2W    ..  O8      ..       2.79 Ang.



PLAT430

--------------------------------------------------------------------------------
PLAT430 Type_2 Test for short non-bonding inter D...A contacts
--------------------------------------------------------------------------------

This test alerts for possibly missed Hydrogen bonds as indicated by short
(i.e. shorter than sum of the van der Waals radii - 0.2 Angstrom)
Donor - Acceptor distances.
Note: Short C=O .. O=C are observed sometimes when part of three-centre
O-H, N-H or C-H O..O bridging.  

不知道怎么修改啊，看到里面有这样修改的

1 请在INS文件中加入HTAB命令,然后XL运行一下.
2 在运行完以后在LST文件中寻找氢键的信息,它在文件的后部,然后按照格式填入INS文件
3 然后再XL运行一下, 所产生的CIF文件中就会有氢键的信息.
我试了之后好像还是有这两个错误，希望大虾们不吝指教。多谢了。
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1楼 2012-01-02 15:48:48
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★
huangjr(金币+1): 感谢继续应助~ 2012-01-02 21:29:17
用Q峰给游离O加上H，然后在INS文件中加入HTAB命令，精修后查看LST文件，根据建议提示调整H的位置使之形成化学上合理的H键就可以了。
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4楼2012-01-02 20:45:33
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xinjinliang(金币+5): 谢谢啊，有具体的操作说明吗？ 2012-01-02 20:38:21
huangjr(金币+1): 感谢应助~ 2012-01-02 21:29:44
是不是O上面没加H？
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2楼2012-01-02 16:18:19
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knight1014

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
木瓜少爷(金币+1): 鼓励回帖相互帮助~ 2012-01-02 19:45:33
这是因为溶剂水分子O1W,O2W上没有加氢。
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3楼2012-01-02 16:32:02
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