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可米kemi

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[求助] 频率与结构能量最低点的关系

各位：
请问，怎么寻找分子的稳定的几何形态(极小值).我先用AUTODOCK软件，将客体分子和主体分子进行自动对接，然后选择其中能量最低的前几个构型，先用PM3法进行几个优化，然后再频率计算。
本来，我的设想是只有极小值中频率计算，才会全是实频。其他的非极小值应该会出现虚频。但是结果，频率算出来后，用GaussView中的results中的vip看发现，全都不存在虚频。请问，这是怎么会事呢？这样的话，我又应该怎么寻找分子的稳定的几何形态呢？谢谢。

[ Last edited by 可米kemi on 2011-12-25 at 18:41 ]

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1楼2011-12-25 15:14:47

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beefly

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专业: 理论和计算化学
管辖: 计算模拟

有虚频是不稳定结构，但不稳定结构未必有虚频。

你可以想象一个随结构参数r变化的势函数f(r)，力常数函数为f"(r)。按照你的假设：平衡结构r0处无虚频，那么f"(r0) > 0；非平衡结构有虚频，那么f"(r不等于r0) < 0。那么f"(r)还是连续函数吗？

典型的例子是双原子分子，随便选个键长，频率计算结果往往是实频。