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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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可米kemi

银虫 (小有名气)

[求助] 频率与结构能量最低点的关系

各位:
    请问,怎么寻找分子的稳定的几何形态(极小值).我先用AUTODOCK软件,将客体分子和主体分子进行自动对接,然后选择其中能量最低的前几个构型,先用PM3法进行几个优化,然后再频率计算。
   本来,我的设想是只有极小值中频率计算,才会全是实频。其他的非极小值应该会出现虚频。但是结果,频率算出来后,用GaussView中的results中的vip看发现,全都不存在虚频。请问,这是怎么会事呢?这样的话,我又应该怎么寻找分子的稳定的几何形态呢?谢谢。

[ Last edited by 可米kemi on 2011-12-25 at 18:41 ]
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ssy_4222

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ssy_4222 at 2011-12-27 22:06:34:
客体分子和主体分子进行自动对接是什么意思啊?

是否可以理解为将反应物和产物的原子序号一一对应,然后通过“第三方”软件找到假想的过渡态结构呢?
上善若水
3楼2011-12-27 22:07:54
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ssy_4222

金虫 (小有名气)

客体分子和主体分子进行自动对接是什么意思啊?
上善若水
2楼2011-12-27 22:06:34
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

有虚频是不稳定结构,但不稳定结构未必有虚频。

你可以想象一个随结构参数r变化的势函数f(r),力常数函数为f"(r)。按照你的假设:平衡结构r0处无虚频,那么f"(r0) > 0;非平衡结构有虚频,那么f"(r不等于r0) < 0。那么f"(r)还是连续函数吗?

典型的例子是双原子分子,随便选个键长,频率计算结果往往是实频。

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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
4楼2011-12-27 22:40:02
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可米kemi

银虫 (小有名气)

引用回帖:
: Originally posted by ssy_4222 at 2011-12-27 22:07:54:
是否可以理解为将反应物和产物的原子序号一一对应,然后通过“第三方”软件找到假想的过渡态结构呢?

差不多这个意思,先进行格点计算(对应),然后再对接。
5楼2011-12-29 16:15:00
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