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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 频率与结构能量最低点的关系
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可米kemi

银虫 (小有名气)

[求助] 频率与结构能量最低点的关系

各位：
    请问，怎么寻找分子的稳定的几何形态(极小值).我先用AUTODOCK软件，将客体分子和主体分子进行自动对接，然后选择其中能量最低的前几个构型，先用PM3法进行几个优化，然后再频率计算。
   本来，我的设想是只有极小值中频率计算，才会全是实频。其他的非极小值应该会出现虚频。但是结果，频率算出来后，用GaussView中的results中的vip看发现，全都不存在虚频。请问，这是怎么会事呢？这样的话，我又应该怎么寻找分子的稳定的几何形态呢？谢谢。

[ Last edited by 可米kemi on 2011-12-25 at 18:41 ]
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1楼 2011-12-25 15:14:47
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ssy_4222

金虫 (小有名气)
客体分子和主体分子进行自动对接是什么意思啊？
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上善若水
2楼2011-12-27 22:06:34
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ssy_4222

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ssy_4222 at 2011-12-27 22:06:34:
客体分子和主体分子进行自动对接是什么意思啊？

是否可以理解为将反应物和产物的原子序号一一对应，然后通过“第三方”软件找到假想的过渡态结构呢？
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上善若水
3楼2011-12-27 22:07:54
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家
有虚频是不稳定结构，但不稳定结构未必有虚频。

你可以想象一个随结构参数r变化的势函数f(r)，力常数函数为f"(r)。按照你的假设：平衡结构r0处无虚频，那么f"(r0) > 0；非平衡结构有虚频，那么f"(r不等于r0) < 0。那么f"(r)还是连续函数吗？

典型的例子是双原子分子，随便选个键长，频率计算结果往往是实频。
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可米kemi
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
4楼2011-12-27 22:40:02
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可米kemi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by ssy_4222 at 2011-12-27 22:07:54:
是否可以理解为将反应物和产物的原子序号一一对应，然后通过“第三方”软件找到假想的过渡态结构呢？

差不多这个意思，先进行格点计算（对应），然后再对接。
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5楼2011-12-29 16:15:00
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可米kemi

银虫 (小有名气)
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引用回帖:
楼: Originally posted by beefly at 2011-12-27 22:40:02:
有虚频是不稳定结构，但不稳定结构未必有虚频。

你可以想象一个随结构参数r变化的势函数f(r)，力常数函数为f"(r)。按照你的假设：平衡结构r0处无虚频，那么f"(r0) > 0；非平衡结构有虚频，那么f& ...

哦。是不是，有可能就是鞍点呢？那这样的话，我应该怎么寻找最稳定结构呢？不会是看计算中的四个自检值，都得显示YES吧。
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6楼2011-12-29 16:18:51
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