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苏远亭

新虫 (小有名气)

[求助] Li Na K Zn 金属有机化合物能否用6-31G 基组？

化合物晶体结构已测得，采用6-31G基组优化结构后，计算结果基本接近，但采用文献中经常使用的更高精度的基组计算后，结构却有较大偏差。试问对于Li Na K Zn金属有机化合物可否使用B3LYP-6-31G 来计算？非常感谢！！
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1楼 2011-12-23 10:57:20
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才

【答案】应助回帖

输入结构是直接从单晶结构来的，并去掉部分大的取代基简化来的
这两点就是问题，首先，看方法对不对，是绝对不能从单晶结构拿来做输入文件的。你必须自己弄一个输入文件。 去掉取代基这个地方也是有问题的，取代基虽然很多时候不影响性质，例如C8可以用C1来代替。但是取代基很多时候对构型的影响是很大的。 还有一点，单分子和多聚体的构型在很多时候显然是差别很大的。当形成晶体时，monomer在其他monomer的作用下（比如氢键，π作用等）分子基团会发生形变，这种形变一般和分子的柔性，以及分子间作用力大小有关。
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
5楼2011-12-23 14:35:15
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
苏远亭(金币+30): ★★★很有帮助 2011-12-23 14:24:29
ben_ladeng: 2011-12-24 21:02:19
计算结果基本接近是什么意思呢？  你的初始输入结构是什么呢？
是直接从单晶结构来的？你的结构优化时单分子还是多聚体？

个人反正绝对6-31G 对于K  Zn是不合适的
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我想做个科学家，可我又喜欢写诗；我想做一个诗人，可我却读的理工科..
2楼2011-12-23 11:24:37
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jiewei

专家顾问 (著名写手)

小才
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiewei at 2011-12-23 11:24:37:
计算结果基本接近是什么意思呢？  你的初始输入结构是什么呢？
是直接从单晶结构来的？你的结构优化时单分子还是多聚体？

个人反正绝对6-31G 对于K  Zn是不合适的

个人觉得，打错字了。。
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3楼2011-12-23 11:25:03
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苏远亭

新虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by jiewei at 2011-12-23 11:24:37:
计算结果基本接近是什么意思呢？  你的初始输入结构是什么呢？
是直接从单晶结构来的？你的结构优化时单分子还是多聚体？

个人反正绝对6-31G 对于K  Zn是不合适的

结果接近是指键长键角与单晶结构很相近，输入结构是直接从单晶结构来的，并去掉部分大的取代基简化来的，结构优化时是单分子，这和单体或多聚体有何关系？还请高人指点，非常感谢！！
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4楼2011-12-23 14:24:14
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