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金虫 (小有名气)

[求助] 模拟退火是在真空中还是水中

我用gromacs研究接枝的短链聚合物在水中运动。建完模型以后，想进行模拟退火来找这个链的能量低的结构，然后再去跑平衡。那我是应该在真空中还是在水中模拟退火呢？

向前冲！！！

1楼 2011-12-22 14:38:47

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金虫 (小有名气)

引用回帖:

2楼: Originally posted by quanta at 2011-12-22 17:51:30:
既然还要重新跑平衡，更本不需要用模拟退火，直接能量最小化再平衡。直接在水中就是了，不然加水后还要再来一次最小化。

因为初始结构是自己建的，不知道是不是比较优的结构。比如长链初始是直的，能量比较低的结构应该是弯的，虽然在水中跑平衡可能最后的结构会弯，但是这样需要的时间会比较长。跑模拟退火的话，可以缩短时间。

向前冲！！！

3楼2011-12-23 09:07:16

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新虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+3): 谢谢~ 2011-12-22 23:43:18
jiaoyixiong(金币+5): 鼓励交流 2011-12-23 09:43:21

既然还要重新跑平衡，更本不需要用模拟退火，直接能量最小化再平衡。直接在水中就是了，不然加水后还要再来一次最小化。

2楼2011-12-22 17:51:30

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